ตระกูลมินาโมโตะ เป็นตระกูลซามูไรที่ทรงอำนาจและอิทธิพลที่สุดตระกูลหนึ่งในญี่ปุ่นยุคเฮอัง เนื่องจากตระกูลนี้ได้ครองตำแหน่งโชกุน เป็นตระกูลแรกของญี่ปุ่นตระกูลมินาโมโตะสืบเชื้อสายจากจักรพรรดิซะงะ ซึ่งครองราชย์ระหว่างปี พ.ศ. 1349 - 1352 โดยมีผู้นำตระกูลมาหลายชั่วอายุคนจนถึงปลายยุคเฮอัง ที่มีมินาโมโตะ โนะ ทะเมะโยะชิ จากสายเซวะเก็นจิ เป็นผู้นำเป็นช่วงที่ตระกูลอยู่ ในยุคตกต่ำเพราะถูกตระกูลไทระ ขึ้นมามีอำนาจแทน ในช่วงกบฏปีโฮเง็ง ปี พ.ศ. 1699 ทะเมะโยะชิและโยะชิโตะโมะ ลูกชายเกิดแตกคอกันเพราะโยะชิโตะโมะอยู่ฝั่งจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ ส่วนทะเมะโยะชิอยู่ฝั่งอดีตจักรพรรดิซุโตะกุ ซึ่งในที่สุดฝ่ายจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะได้ชัยชนะ โยะชิโตะโมะจึงต้องประหารชีวิต ทะเมะโยะชิ ผู้เป็นบิดาตามพระบัญชาของจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ และเขาได้เป็นผู้นำตระกูลสืบต่อมาแต่เขากลับได้รับปูนบำเหน็จให้เป็นเพียงเจ้าเมืองเล็ก ๆขณะที่ไทระ โนะ คิโยโมริ กลับได้เป็นขุนนางใหญ่ในราชสำนัก ทำให้โยะชิโตะโมะเกิดความไม่พอใจและกลายเป็นความแค้นในที่สุดในปี พ.ศ. 1703 ซึ่งตรงกับปีเฮย์จิโยะชิโตะโมะได้นำกำลังพลบุกมายัง นครหลวงเกียวโต จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะมีบัญชาให้คิโยโมรินำกองทัพออกไปปราบ ซึ่งคิโยโมริได้ล่อให้กองทัพของโยะชิโตะโมะให้มายังโระคุฮะระ ซึ่งเป็นฐานที่มั่นของคิโยโมริ และเมื่อมาถึงเขาก็สั่งให้ทหารของเขาฆ่าคนของตระกูลมินาโมโตะจนแทบหมดสิ้น ส่วนตัวของโยะชิโตะโมะนั้น คนสนิทของเขาพาหนีรอดไปได้ แต่ก็ถูกกองทัพของคิโยโมริไล่ล่า เมื่อเห็นว่าตัวเองคงไม่รอด เขาจึงสั่งให้คนสนิทฆ่าเขาเสีย ส่วนคนสนิทก็ฆ่าตัวตายตาม ส่วนมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะ ลูกชายของโยะชิโตะโมะก็ถูกจับได้ คิโยโมริจึงให้ประหารเขาเสีย แต่นางอิเกได้ร้องขอชีวิตโยริโตะโมะ คิโยโมริจึงได้ออกคำสั่งให้เนรเทศโยริโตะโมะไปอยู่ที่ อิซุ ส่วนลูกชายทั้ง 3 ของโยะชิโตะโมะที่เกิดกับนางโทะกิวะ คิโยโมริได้อุปการะเด็กทั้ง 3 คนซึ่งต้องแลกมากับการที่นางโทะกิวะต้องเป็นภรรยาน้อยของคิโยโมริ เป็นอันสิ้นสุดกบฏเฮจิโยะริโตะโมะได้ฟื้นฟูตระกูลมินาโมโตะขึ้นอีกครั้ง หลังจากที่เจ้าชายโมะชิฮิโตะ โอรสองค์ที่ 3 ของจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะได้ปลุกระดมผู้คนของตระกูลมินาโมโตะให้ลุกขึ้นสู้กับตระกูลไทระ ซึ่งในที่สุดตระกูลมินาโมโตะก็ได้ชัยชนะเหนือตระกูลไทระและมีอำนาจเหนือราชสำนัก ทำให้จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะไม่พอพระทัย พยายามยุแยงให้โยะริโตะโมะและโยะชิสึเนะ แตกคอกัน ซึ่งในที่สุดโยะริโตะโมะก็สามารถกำจัด โยะชิสึเนะ น้องชายต่างแม่ได้สำเร็จ และหวังว่าจะได้ตำแหน่ง เซไตโชกุน จากราชสำนัก แต่จักรพรรดิโกะไม่ทรงยอม ทำให้โยะริโตะโมะต้องรอไปหลายปีจนจักรพรรดิเสด็จสวรรคต จักรพรรดิพระองค์ใหม่จึงได้พระราชทานตำแหน่งเซไตโชกุนให้โยะริโตะโมะ ในที่สุดเขาจึงสามารถจัดตั้ง รัฐบาลโชกุนคามากูระ ได้สำเร็จ ซึ่งรัฐบาลโชกุนคะมะคุระก็มีโชกุนปกครองทั้งสิ้น 9 คนเป็นระยะเวลากว่า 141 ปี ก่อนจะถูกตระกูลอะชิกะงะโค่นล้มลงได้สำเร็จ