ในประเทศไทย แต่เดิมเรียกว่า ตลาดท้องน้ำ จนกระทั่งในสมัยรัชกาลที่ 6 จึงเปลี่ยนมาเรียกว่า ตลาดน้ำ แทน[1]

ในอดีต แม่น้ำลำคลองเป็นเส้นทางคมนาคมที่สำคัญ ผู้คนมักตั้งบ้านเรือนและทำสวนทำไร่ริมน้ำ จึงถูกลำเลียงโดยเรือไปยังผู้ซื้อ เกิดเป็นตลาดขึ้น ในกรุงเทพมหานครเป็นที่ตั้งของชุมชนชาวสวนตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา เรียกว่าชุมชนสวนบางกอก มีการขุดคลองผันน้ำเข้าสวนเป็นจำนวนมาก เกิดเป็นโครงข่ายคูคลอง ในแต่ละพื้นที่มีผลผลิตที่แตกต่างกัน อาทิ ลางสาดคลองสาน ส้มบางมด ส้มโอวัดจันทร์ เป็นต้น จึงทำให้เกิดการแลกเปลี่ยนสินค้ากัน จนเกิดขึ้นเป็นตลาดน้ำ[2] ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น ตลาดน้ำที่สำคัญแห่งแรก น่าจะเป็นปากคลองตลาด ซึ่งอยู่ระหว่างป้อมจักรเพชร และป้อมผีเสื้อ ตลาดน้ำในต้นรัตนโกสินทร์ ได้แก่ ตลาดน้ำบางกอกน้อย ตลาดน้ำคลองบางหลวง ตลาดน้ำวัดทอง ตลาดน้ำวัดไทร ตลาดน้ำวัดคลองดาวคะนอง ตลาดน้ำคลองมหานาค ตลาดน้ำคลองคูพระนครเดิม ตลาดน้ำคลองดำเนินสะดวก ตลาดน้ำคลองโพหัก ตลาดน้ำอัมพวา ตลาดท่าคา ตลาดน้ำบ้านกระแชง ฯลฯ[3]

ในช่วงรัชสมัยรัชกาลที่ 5 ถือเป็นยุคสมัยของตลาดน้ำและชุมชนเกษตรกรรม มีการขุดคลองสำคัญได่แก่ คลองดำเนินสะดวกและคลองภาษีเจริญ เพื่อเชื่อมโยงแม่น้ำท่าจีน แม่น้ำเจ้าพระยา และแม่น้ำแม่กลอง ทำให้เกิดเครือข่ายเชื่อมโยงแม่น้ำขึ้น ส่งผลทำให้เกิดตลาดน้ำมากมาย[4]

ภายหลังปี 2500 รัฐได้ตระหนักถึงการพัฒนาชุมชน ทั้งในด้านเศรษฐกิจและสังคมแบบตะวันตก มีการตัดถนนเข้าสู่ชุมชน มีการพัฒนาระบบชลประทาน ตลอดจนระบบสาธารณูปโภคต่าง ๆ ทำให้พื้นที่เกษตรกรรมลดลง วิถีชีวิตทางน้ำจึงลดลง และนับแต่ปี 2520 ตลาดน้ำในกรุงเทพฯ และปริมณฑลได้สิ้นสุดเกือบทั้งหมด[5] จนในช่วงปี 2540 เกิดกระแสการท่องเที่ยวเชิงอนุรักษ์ ประกอบกับทางรัฐมีนโยบายส่งเสริมการท่องเที่ยวในประเทศไทย ทำให้มีการฟื้นฟูตลาดน้ำขึ้นมาใหม่

ในปัจจุบัน มีตลาดน้ำในกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ได้แก่ ตลาดน้ำบางพลี ตลาดน้ำบางน้ำผึ้ง ตลาดน้ำบางหัวเสือ ตลาดน้ำวัดสะพาน ตลาดน้ำตลิ่งชัน ตลาดน้ำวัดจำปา ตลาดน้ำคลองลัดมะยม ตลาดน้ำดอนหวาย ตลาดน้ำบางคูเวียง ตลาดน้ำแสงสิริธรรม ตลาดน้ำไทรน้อย ตลาดน้ำลำพญา[6] ส่วนในต่างจังหวัด ได้แก่ ตลาดน้ำขวัญเรียม ตลาดน้ำอัมพวา ตลาดน้ำทุ่งบัวชม ตลาดน้ำอโยธยา ตลาดน้ำดำเนินสะดวก ตลาดน้ำสี่ภาค ตลาดน้ำหัวหินสามพันนาม ตลาดน้ำหัวหิน ตลาดน้ำบางน้อย ตลาดน้ำคลองแห ตลาดน้ำบางคล้า ตลาดน้ำปากช่อง ตลาดน้ำท่าคา ตลาดน้ำวัดตะเคียน[7]ตลาดน้ำอโยธยา