ตลาดน้ำบางน้ำผึ้งเกิดขึ้นจากแนวคิดขององค์การบริหารส่วนตำบลบางน้ำผึ้งและประชาชนในท้องที่มีความเห็นพ้องต้องกันว่า ต้องการทำตลาดน้ำเพื่อจัดจำหน่ายผลผลิตทางการเกษตร จากความพยายามในการพัฒนาและแก้ไขปัญหาของชุมชนที่พบกับภาวะผลผลิตการเกษตรล้นตลาด ราคาตกต่ำ รายได้ลดลง ส่งผลให้เศรษฐกิจในชุมชนตกต่ำ สำเนาว์ รัศมิทัต นายกองค์การบริหารส่วนตำบลบางน้ำผึ้ง จึงมีแนวคิดในการจัดทำศูนย์จำหน่ายสินค้าเกษตร[1]

เมื่อมีการนำแนวคิดนี้เข้าสู่ที่ประชุมประชาตำบล จากชาวบ้าน 11 หมู่บ้าน ก็ได้รับการตอบรับและขยายกรอบการดำเนินงานให้กว้างขึ้นเป็นลักษณะศูนย์จำหน่ายสินค้าของชุมชน ตลาดน้ำบางน้ำผึ้งจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2547 เปิดเป็นทางการเมื่อวันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2547[2]