สถานภาพในธรรมชาติของตะโขงนับว่าใกล้สูญพันธุ์มากแล้ว สำหรับในประเทศไทยไม่พบมีรายงานการพบตั้งแต่ปี พ.ศ. 2513 ในอดีตมีรายงานการพบบ้างที่อุทยานแห่งชาติเขาใหญ่ เมื่อปี พ.ศ. 2503 และ พ.ศ. 2504 ในระยะหลังมีรายงานการพบบ้างที่อุทยานแห่งชาติแก่งกระจาน จังหวัดเพชรบุรี, เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเขาบรรทัด จังหวัดพัทลุง และเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าสิรินธร (ป่าพรุโต๊ะแดง) จังหวัดนราธิวาส แต่ก็พบเพียง 1-2 ตัวเท่านั้น

ในปลายปี พ.ศ. 2550 ได้มีการพบตะโขงขนาดเล็กที่ฝายเก็บน้ำคลองถูป อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี[3][4]