ภาพยนตร์เรื่องตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ที่กลับมาสานต่อความยิ่งใหญ่อีกครั้ง โดยฉากสำคัญของภาคนี้คือ ยุทธนาวี ซึ่งเป็นฉากรบทางเรือ และยังไม่เคยปรากฏในภาพยนตร์ไทยเรื่องไหนมาก่อน[1]

อีกสาเหตุหนึ่งที่ทำให้ ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช 3 ยุทธนาวี ทิ้งช่วงจากภาคที่แล้ว 4 ปี ก็คือ ภาพยนตร์นี้ถ่ายทำยากกว่าภาคก่อน ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การที่หนังภาคนี้ต้องมีสัตว์อย่าง ช้าง และ ม้า เข้าฉากเป็นจำนวนมาก ซึ่งยากมากต่อการควบคุม

ภาพยนตร์เรื่องนี้มีฉากใหญ่ที่รบกันทางน้ำ ซึ่งการถ่ายหนังกันในน้ำจริง ๆ จะไม่สามารถควบคุมทิศทางลม และกระแสน้ำได้ ที่มาของ ตอน ยุทธนาวี นั่นมาจากเนื้อหาสำคัญส่วนหนึ่งในหนังภาคนี้คือการที่ พระยาจีนจันตุ ถูก สมเด็จพระนเรศวรมหาราช จับได้ว่าเป็นสายลับให้เขมร จึงพยายามแล่นเรือสำเภาหนีการไล่ล่าของพระนเรศวร และเป็นสาเหตุให้การทำ ยุทธนาวี เกิดขึ้นในหนังภาคนี้ ซึ่งเป็นการรบกันกลางน้ำของกองเรือพิฆาตของสมเด็จพระนเรศวร กับ เรือสำเภาของพระยาจีนจันตุที่เข้ามาเป็นไส้ศึกยังกรุงอโยธยา โดยฉากรบทางเรือให้สมจริง นอกจากนี้ยังมีการสร้างเรือสำเภาจีนโบราณที่สามารถใช้งานได้จริง ลำเดียวในโลก เพื่อนำมาใช้สำหรับฉากนี้โดยเฉพาะอีกด้วย

เรือสำเภาจีนโบราณลำนี้ยาว 35 เมตร กว้างประมาณ 8 เมตร ความสูง 2 ชั้น 5 เมตร ใช้ฝีพาย 72 คน ประจำ 36 ช่องพาย ผู้ออกแบบใช้เวลาค้นคว้าข้อมูลจากพงศาวดารไทยและบันทึกประวัติศาสตร์ของต่างชาติที่เข้ามาในสมัยอยุธยานับร้อยเล่ม ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2551 ใช้เวลาในการสร้างและตกแต่งถึง 6 เดือน ด้วยงบประมาณกว่า 30 ล้านบาท โครงสร้างเป็นเหล็กและใช้ไม้ประกอบและตกแต่งทั้งลำ มีอายุการใช้งานกว่า 30 ปี โดยสามารถปรับเปลี่ยนเป็นเรือสำเภาแบบตะวันตกได้เพื่อนำไปใช้ในการถ่ายทำภาพยนตร์เรื่องอื่น ๆ[2]

โดยครั้งแรก ความตั้งใจของผู้สร้าง คือ ม.จ.ชาตรีเฉลิม ได้วางตัวให้ ฉี เส้าเฉียน รวมถึงแม้กระทั่ง หลิว เต๋อหัว 2 นักแสดงชาวฮ่องกงชื่อดัง เป็นผู้รับบทพระยาจีนจันตุ [3]