ตำบลบางตะบูน ถูกตั้งชื่อขึ้นตามต้นไม้ชายเลนชนิดหนึ่ง ชื่อ "ตะบูน" หรือ "กระบูน" ที่ขึ้นอยู่เป็นจำนวนมากในพื้นที่ของตำบลนี้ สภาพภูมิประเทศโดยทั่วไปเป็นที่ราบลุ่มชายฝั่งทะเล สภาพดินเป็นดินเลน และมีลุ่มน้ำมาก "บางตะบูน" เป็นชุมชนเก่าแก่ที่มีความสำคัญมาแต่โบราณ เนื่องด้วยมีแม่น้ำบางตะบูนไหลผ่านซึ่งลำน้ำสายนี้แยกมาจากแม่น้ำเพชรบุรี ไหลออกทะเลบริเวณปากอ่าวบางตะบูน ซึ่งเป็นปลายแม่น้ำเพชรบุรี ในสมัยก่อนแม่น้ำสายนี้เป็นเส้นทางสัญจรทางเรือของพ่อค้าวาณิชต่าง ๆ นับแต่สมัยโบราณ ลำน้ำบางตะบูนเป็นเส้นทางการคมนาคมที่มีความจำเป็นและสำคัญทางเศราษฐกิจเป็นอย่างมาก