บ้านน้ำบ่อ เดิมเป็นหมู่บ้านหมู่ที่ 2 ของตำบลพ่อมิ่ง อำเภอปะนาเระ ต่อมาในวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ. 2505 หลวงชาติตระการโกศล (เจียม ลิมปิชาติ) ปลัดกระทรวงมหาดไทย และนายเกษม สุขุม ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี ได้ประกาศแยกพื้นที่ตำบลพ่อมิ่ง 3 หมู่บ้านบริเวณฝั่งอ่าวไทย ได้แก่ หมู่ 1 บ้านบางหมู, หมู่ 2 บ้านน้ำบ่อ และหมู่ 7 บ้านท่าสู ออกมาตั้งเป็น "ตำบลบ้านน้ำบ่อ"[4] เป็นตำบลลำดับที่ 10 ของทางอำเภอปะนาเระ

บ้านน้ำบ่อ หมู่ที่ 2 มีประชากร 2,496 คน และ 560 ครัวเรือน ในวันที่ 3 กันยายน พ.ศ. 2562 นายไกรศร วิศิษฎ์วงศ์ ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี ได้ประกาศแยกพื้นที่หมู่ 2 บ้านน้ำบ่อ บางส่วน ออกมาจัดตั้งเป็น 1 หมู่บ้านและตั้งเป็นหมู่ที่ 5 ของตำบลบ้านน้ำบ่อ ชื่อ "บ้านน้ำบ่อตะวันออก"[5]