ตำบลอ้อมเกร็ดเดิมเป็นท้องที่หนึ่งของอำเภอบางบัวทอง มีชื่อว่า ตำบลบางบัวทอง โดยได้ชื่อมาจากคลองบางบัวทองซึ่งเป็นคลองสายหลักในพื้นที่ จนกระทั่งใน พ.ศ. 2463 กระทรวงนครบาลได้โอนตำบลบางบัวทองจากอำเภอบางบัวทองมาขึ้นกับอำเภอปากเกร็ดเพื่อความเหมาะสมด้านการปกครอง โดยในคราวเดียวกันนี้ยังได้เปลี่ยนชื่อตำบลบางบัวทองเป็น ตำบลอ้อมเกร็ด ตามลักษณะที่ตั้งที่อยู่ทางด้านอ้อมของเกาะเกร็ด และเปลี่ยนชื่อตำบลพระภิมลเป็นตำบลบางบัวทองแทน[5]

ใน พ.ศ. 2540 กระทรวงมหาดไทยได้ออกประกาศกำหนดเขตตำบลในท้องที่อำเภอปากเกร็ด โดยกำหนดให้คลองบางพลับใหญ่ตั้งแต่คลองขุนมหาดไทย (ท่าลาย) ไปจนถึงแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นแนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างตำบลอ้อมเกร็ดกับตำบลบางพลับ[6] แต่เนื่องจากแนวแบ่งเขตดังกล่าวไม่เป็นไปตามข้อเท็จจริงที่ยึดถือกันมาในพื้นที่ ใน พ.ศ. 2556 กระทรวงมหาดไทยจึงออกประกาศกำหนดเขตตำบลในท้องที่อำเภอปากเกร็ดเป็นฉบับที่ 2 โดยกำหนดให้ถนนในหมู่บ้านจัดสรร กำแพงหมู่บ้านจัดสรร แนวอาคารพาณิชย์ ถนนราชพฤกษ์ คลองหัวจิก (รางปลิง) และคลองบางน้อยเป็นแนวแบ่งเขตระหว่างตำบลทั้งสอง[7]

ปัจจุบันองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่ดูแลตำบลอ้อมเกร็ดเต็มพื้นที่นั้นมีฐานะเป็น องค์การบริหารส่วนตำบลอ้อมเกร็ด ซึ่งได้รับการยกฐานะจากเดิมที่เป็นสภาตำบลอ้อมเกร็ดในวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2540[8]