เกาะเต่าเป็นเกาะร้างที่ห่างไกล เดิมใช้เป็นทัณฑสถานสำหรับกักขังนักโทษจากเหตุการณ์กบฏบวรเดชที่ถูกย้ายจากเกาะตะรุเตาช่วง พ.ศ. 2476 ก่อนได้รับพระราชทานอภัยโทษใน พ.ศ. 2481[3] ต่อมาราว พ.ศ. 2480 เริ่มมีราษฎรจากเกาะใกล้เคียงเข้าไปจับจองพื้นที่เพื่อทำประมงและเพาะปลูก แต่ย้ายกลับภูมิลำเนาเดิมช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง[4] จน พ.ศ. 2490 มีประชากรเข้าไปอาศัยเพิ่มขึ้นตามลำดับ[3][5] เกาะเต่ามีฐานะเป็นตำบลแยกมาจากตำบลเกาะพะงัน อำเภอเกาะสมุย ก่อนขึ้นกับอำเภอเกาะพะงัน[4] และมีสถานะเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลเกาะเต่าในเวลาต่อมา

กระทรวงมหาดไทยเปลี่ยนแปลงสถานะองค์การบริหารส่วนตำบลเกาะเต่า เป็นเทศบาลตำบลเกาะเต่า เมื่อวันที่ 21 กันยายน พ.ศ. 2555[5]