เกาะเปาะเป็นชุมชนที่อยู่ระหว่างเมืองหนองจิกและเมืองปัตตานี ซึ่งประชาชนไปมาหาสู่กันโดยอาศัยแม่น้ำทั้งสองสายเป็นเส้นทางสัญจร หากมีผู้ที่กระทำผิดแล้วหนีไป อีกเมืองก็ไม่สามารถเอาผิดได้ ด้วยเหตุผลดังกล่าวจึงจัดสร้างด่าน และได้เก็บค่าผ่านทางด้วย ผู้ที่ฝ่าฝืน ไม่ยอมจ่ายค่าผ่านด่านก็จะถูกลงโทษอย่างรุนแรง โดยการโบยหรือทุบตี วันหนึ่งบิดาของเจ้าหน้าที่ประจำเมืองหนองจิกเดินทางโดยไม่ยอมจ่ายเงิน เมื่อกลับมาถึงด่านจึงถูกบุตรลงโทษโดยการทุบตีอย่างรุนแรง ชาวบ้านจึงเรียกที่นั้นว่า กอแดเป๊าะ ซึ่งเป็นภาษามลายูแปลว่า "ทุบตีพ่อ" โดยคำว่า กอแด แปลว่า "ทุบตี" และ เป๊าะ แปลว่า "พ่อ" ต่อมาเพี้ยนเป็น เกาะเปาะ[3]

ส่วนอีกตำนานหนึ่งกล่าวว่า สมัยก่อนมีหญิงแก่คนหนึ่งออกเดินเพื่อตั้งหลักแหล่งจึงร่อนเร่จนถึงแม่น้ำสายหนึ่งและเดินเลาะริมแม่น้ำนั้น กระทั่งเจอปลาที่ลำตัวเหลือเพียงกระดูก และน่าประหลาดยิ่งนักที่ยังหายใจอยู่ด้วยเหงือกที่เหลือติดก้าง นางจึงร้องอุทานขึ้นมาว่า กะเปาะ ซึ่งเป็นภาษามลายู แปลว่า "เหงือกปลา" ต่อมาจึงเพี้ยนเป็น เกาะเปาะ[3]

ในปี พ.ศ. 2490 ทางราชการได้แยกหมู่ 1 บ้านเกาะเปาะเหนือ, หมู่ 2 บ้านเกาะเปาะใต้ ของตำบลลิปะสะโง รวมกับพื้นที่หมู่ 3 บ้านใหม่ ของตำบลดอนรัก รวมทั้งหมด 3 หมู่บ้าน จัดตั้งเป็นตำบลขึ้น โดยแรกตั้งชื่อ "เตาะเปาะ"[4] เมื่อ พ.ศ. 2510 ทางสำนักนายกรัฐมนตรีและราชบัณฑิตยสถาน ได้แก้ไขชื่อตำบลเป็น "เกาะเปาะ"[5][6] เพื่อให้ตรงกับความเป็นจริงซึ่งเป็นชื่อของพื้นที่หมู่ 1 และ 2