ตำบลแพรกษาได้ชื่อมาจากคลองแพรกษาซึ่งเป็นคลองที่แยกจากจุดบรรจบระหว่างคลองปากน้ำกับคลองบางปิ้ง ในอดีตชาวบ้านเรียกคลองสายนี้ว่า "คลองแพรกตาสา" ตามชื่อของนายสาซึ่งเป็นชาวบ้านคนหนึ่งในพื้นที่[4] (คำว่า แพรก แปลว่า "แยก" หรือ "ทางแยกของลำนํ้า") เมื่อมีการจัดตั้งตำบลก็เรียกว่า "ตำบลแพรกตาสา"[5] แต่ต่อมาเสียงได้เพี้ยนเป็น [แพฺรก-กะ-สา] ส่วนรูปเขียนก็เพี้ยนตามโดยมีการสะกดปนกันระหว่าง แพรกกะสา[6] กับ แพรกษา[7] และในที่สุดก็เหลือเพียงรูปเขียน แพรกษา ดังปัจจุบัน