ตำบลแม่ปะตั้งอยู่ห่างจากที่ว่าการอำเภอแม่สอดประมาณ 3 กิโลเมตร มีพื้นที่ทั้งหมด 198.325 ตารางกิโลเมตร (123,953 ไร่) มีลักษณะภูมิประเทศเป็นที่ราบประมาณ ร้อยละ 75 ของพื้นที่ทั้งตำบล นอกนั้นเป็นพื้นที่สูง มีอาณาเขตติดต่อกับตำบลข้างเคียง ดังนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อตำบลแม่กาษา
• ทิศใต้ ติดต่อเทศบาลนครแม่สอด ตำบลแม่สอด
• ทิศตะวันออก ติดต่อตำบลพะวอ
• ทิศตะวันตก ติดต่อตำบลท่าสายลวด