ตำบลแม่เย็น ตั้งขึ้นเมื่อปี ​พ.ศ. 2440 โดยแยกมาจากตำบลฝั่งตื้น เดิมมีหมู่บ้านทั้งหมด 17 หมู่บ้าน ต่อมามีพระบรมราชบัญญัติปกครองท้องที่บังคับใช้ นายจันทร์แก้ว เชื้อเมืองพาน ได้รับเลือกให้ดำรงตำแหน่งกำนันตำบลแม่เย็น ในปี พ.ศ. 2475 และต่อมาในปี ​พ.ศ. 2529 ได้แยกตำบลแม่เย็นออกไปอีกหนึ่งตำบลคือ ตำบลทานตะวัน ปัจจุบันตำบลแม่เย็นจึงมีทั้งหมด 11 หมู่บ้าน