ประเพณีการถวายต้นไม้เงินต้นไม้ทอง หรือมูลเหตุในการใช้ต้นไม้เงินต้นไม้ทอง ไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัดว่าเกิดขึ้นครั้งแรกเมื่อใดหรือเพราะอะไร แต่จากหนังสือ สยามประเภท เล่ม 2 ตอนที่ 17 วันที่ 1 สิงหาคม ร.ศ. 118 ของ ก.ศ.ร. กุหลาบ "เรื่องต้นเหตุเมืองแขกมะละกาขึ้นกับไทย" ปรากฏความเกี่ยวกับต้นไม้เงินต้นไม้ทองเป็นบรรณาการมาอย่างน้อยก็ในสมัยกรุงศรีอยุธยา ความว่า[4]

"ราว พ.ศ. ๒๐๔๕ ในแผ่นดินพระเจ้าบรมราชามหาพุทธางกูร สยามเป็นไมตรีกับโปรตุเกส โปรตุเกสขอกองกำลังกองทัพเรือไทยไปช่วยตีเมืองมะละกา เพราะชาวมะละกาไปทำร้ายพ่อค้าชาวโปรตุเกสที่เข้าไปค้าขาย กองทัพเรืออยุธยาตีเมืองมะละกาได้ พระเจ้าแผ่นดินสยามในขณะนั้น ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าราชบุตรแขกเมืองมะละกาเป็นเจ้าเมืองสืบแทนพระบิดา ให้มีพระนามว่าจ้าวมะหะหมัดรัตนะรายามหาราช และให้เป็นเมืองประเทศราชถวายดอกไม้เงินทองสิ่งของเครื่องราชบรรณาการแก่กรุงศรีอยุธยาตามประเพณีที่มีมาแต่โบราณ"

ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ได้ปกครองหัวเมืองประเทศราช อันได้แก่ หัวเมืองมลายู (ไทรบุรี, ปัตตานี, กลันตัน และตรังกานู), หัวเมืองลาวพุงขาว (ล้านช้าง), หัวเมืองลาวพุงดำ (ล้านนา), หัวเมืองเขมร (กัมพูชา) และหัวเมืองกะเหรี่ยง (ตะวันตกของพม่าในปัจจุบัน)[4] ซึ่งประเทศราชเหล่านี้จะต้องส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองและเครื่องบรรณาการมาทุก ๆ สามปี มูลค่าของดอกไม้เงินดอกไม้ทองในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 19 อาจจะสูงถึงราว ๆ หนึ่งพันดอลลาร์สเปนเลยทีเดียว[5] ทั้งนี้การส่งบรรณาการดังกล่าวไม่มีกฎเกณฑ์ว่ามากน้อยเพียงใดเพราะขึ้นอยู่กับผลิตผลในท้องถิ่น หรือเป็นสิ่งของที่ทางกรุงเทพฯ ที่แจ้งความต้องการไป[4]

ในปี พ.ศ. 2435 ได้มีการปฏิรูปการปกครองยกเลิกหัวเมืองประเทศราชในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ธรรมเนียมการส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทองเป็นบรรณาการจึงไม่ปรากฏอีก ปรากฏครั้งสุดท้ายเมื่อครั้งเจ้าอินทวโรรสสุริยวงษ์ พร้อมด้วยเจ้าราชภาคินัย เจ้าน้อยเลาแก้ว เจ้าน้อยสมพมิตร เจ้าน้อยเมืองชื่น และเจ้าน้อยวุฒิวงษ์ เข้าเฝ้าถวายเครื่องราชบรรณาการ เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2447 และนับเป็นเครื่องราชบรรณาการ งวดสุดท้าย ก่อนจะมีการยกเลิกธรรมเนียมการถวายต้นไม้เงินต้นไม้ทองและเครื่องราชบรรณาการตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา

ทั้งนี้เหตุผลในการส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทอง เข้าใจว่าเป็นการแสดงการสวามิภักดิ์ และความจงรักภักดีแก่ประเทศที่มีอำนาจเหนือกว่า[4] ขณะที่ พงศาวดารมะโรง มหาวงศ์ ซึ่งเป็นเอกสารของราชสำนักไทรบุรีระบุว่า เป็นสัญลักษณ์แห่งความสัมพันธ์สมานฉันท์สามัคคีรักใคร่แนบแน่นต่อกัน และเพื่อเป็นของเล่นสนุกสำหรับพระราชโอรส พระราชธิดา[5][6]