เขาถ้ำบาตูและถ้ำย่อยในถ้ำบาจูมีพืชและสัตว์มากมายหลายสายพันธุ์ ส่วนใหญ่เติบโตเฉพาะในสิ่งแวดล้อมที่เป็นหินปูน มีการบันทึกข้อพืชมีท่อลำเลียงทั้งหมด 269 สายพันธุ์ ในจำนวนนี้ 56 สายพันธุ์ (21%) เป็นพืชคัลซิไฟล์ (โตได้เฉพาะบนหินปูน)[6]

นอกจากนี้ในถ้ำบาตูยังมีถ้ำย่อยอีกจำนวนหนึ่งที่ยังไม่ได้พัฒนาสร้างสิ่งปลูกสร้าง ซึ่งสามารถพบสัตว์และพืชมากมาย เช่น แมงมุมแทรปดอร์ (trapdoor spiders หรือ Liphistius batuensis)[7] ในถ้ำมีค้างคาวราว 21 สายพันธุ์ โดยเฉพาะค้างคาวผลไม้ (Eonycteris) หลายสายพันธุ์[2]