ทรอน เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับโปรแกรมเมอร์ชื่อ เควิน ฟลินน์ (รับบทโดย เจฟ บริดเจส) เป็นนักเขียนโปรแกรมเกมคอมพิวเตอร์ให้กับบริษัทชื่อ ENCOM วันหนึ่งโปรแกรมที่เขาเขียน ถูกขโมยโดยเพื่อนร่วมงานชื่อ เอด ดิลลิงเจอร์ (รับบทโดย เดวิด วอร์เนอร์) และฟลินน์ถูกไล่ออกจากงาน ส่วนดิลลิงเจอร์ กลับเติบโตเป็นผู้บริหารระดับสูงในบริษัท

สามปีถัดมา ฟลินน์ลักลอบเจาะข้อมูลเข้าไปในระบบเมนเฟรมของ ENCOM เพื่อหาหลักฐานว่าเขาถูกใส่ร้าย โดยใช้โปรแกรมประตูหลังที่เขาเขียนขึ้นเอง ชื่อว่า คลู ฟลินน์พลาดท่าถูกระบบป้องกันของคอมพิวเตอร์ซึ่งมีปัญญาประดิษฐ์ ใช้เลเซอร์ยิงใส่ และแปลงให้เขาอยู่ในรูปข้อมูลดิจิทัล

ฟลินน์พบว่าตัวเองอยู่ในอีกโลกหนึ่ง ซึ่งเป็นดิจิทัล มีชื่อว่า คลู ได้พบกับ ทรอน ซึ่งเป็นระบบรักษาความปลอดภัยที่เขียนโดย อลัน แบรดลีย์ (รับบทโดย บรูซ บ็อกซ์ลีทเนอร์) และ โยริ โปรแกรมของ ลอร่า อดีตแฟนเก่า (รับบทโดย ซินดี มอร์แกน) ฟลินน์ พยายามหาทางออกจากระบบ ด้วยความช่วยเหลือของ ทรอน และ โยริ โดยเขาต้องต่อสู้กับตัวละครในเกมที่เขาเป็นคนเขียนขึ้น ในด่านสุดท้าย ฟลินน์ต้องต่อสู้กับ ซาร์ค โปรแกรมของดิลลิงเจอร์ (รับบทโดย เดวิด วอร์เนอร์)