ทองอินทร์ วงศ์โสธร รับราชการเป็นอาจารย์ประจำสาขาวิชาศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช และเคยดำรงตำแหน่งรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นรองปลัดทบวงมหาวิทยาลัย และเป็นอธิการบดีมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ในระหว่างปี พ.ศ. 2543 ถึงปี พ.ศ. 2547[1]

ในปี พ.ศ. 2549 ได้รับแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (นายวิจิตร ศรีสอ้าน)[2]