การรักษาทอนซิลอักเสบโดยทั่วไปจะใช้ยาต้านการอักเสบ เช่น ไอบูโปรเฟน (ibuprofen) เพราะส่วนใหญ่เกิดจากเชื้อไวรัส และคนไข้ส่วนใหญ่ก็จะหายได้หรืออาการดีขึ้นจากการให้ยา หรือหากมีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรีย จะมีการรักษาโดยการใช้ยาปฏิชีวนะ สำหรับยาปฏิชีวนะก็มีหลายชนิด ซึ่งควรรับประทานตามที่แพทย์สั่งและรับประทานให้นานพอ เช่น 7-10 วัน นอกจากการรักษาแบบให้ยาปฏิชีวนะแล้วต้องให้การรักษาแบบประคับประคองรวมด้วย เช่น การให้ยาลดไข้, การให้ดื่มน้ำมากๆ หรืออาจต้องให้น้ำเกลือถ้าผู้ป่วยทานอาหารไม่ค่อยได้ และให้ทานอาหารอ่อนๆ

ในกรณีที่ต่อมทอนซิลมีการอักเสบบ่อยครั้ง ผู้ป่วยมักได้รับคำแนะนำจากแพทย์ให้ตัดทอนซิลออก ซึ่งจะไม่มีผลกระทบต่อระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายแต่อย่างใด อย่างไรก็ตาม มีรายงานการศึกษาวิจัยพบว่าหลังจากตัดต่อมทอนซิลแล้ว ภูมิคุ้มกันจะลดลงชั่วคราว ทั้งนี้ที่บริเวณคอยังมีต่อมน้ำเหลืองอีกหลายร้อยต่อม ซึ่งจะช่วยกันทำงานหลังจากตัดต่อมทอนซิลไปแล้ว