ทะเลสาบชูเซ็นจิ (ญี่ปุ่น: 中禅寺湖code: ja is deprecated  โรมาจิ: ชูเซ็นจิ-โกะ) เป็นทะเลสาบน้ำจืดในอุทยานแห่งชาตินิกโก จังหวัดโทจิงิ เกิดขึ้นเมื่อราว 20,000 ปีที่แล้ว เมื่อภูเขาไฟนันไตเกิดการปะทุและไหลลงไปปิดทางแม่น้ำ นอกจากนี้ยังเป็นทะเลสาบที่อยู่สูงที่สุดในญี่ปุ่นจากระดับน้ำทะเล โดยมีความสูงกว่า 1,269 เมตรเหนือระดับน้ำทะเล และเป็นทะเลสาบที่มีความลึกเป็นอันดับ 7 ในญี่ปุ่น โดยส่วนที่ลึกที่สุดมีความลึกกว่า 163 เมตรทะเลสาบชูเซ็นจิถูกค้นพบในปี พ.ศ. 1325 จากการที่มีภิกษุนามว่า โชโด และคณะของท่านปีนขึ้นไปบนภูเขาไฟนันไต และเนื่องจากภูเขาแห่งนี้มีเส้นทางที่อันตราย จึงมีการห้ามผู้หญิง ม้า และวัวขึ้นไปจนถึงปี พ.ศ. 2415 ต่อมาในกลางยุคเมจิ บรรดาทูตจากยุโรปจำนวนมากได้เข้าไปสร้างที่พักผ่อนบริเวณโดยรอบทะเลสาบแห่งนี้ นอกจากนี้ยังมีการสร้างศาลเจ้าฟูตาราซังและวัดชูเซ็นจิขึ้น ในฤดูใบไม้ผลิ ต้นซากูระจำนวนมากรอบ ๆ ทะเลสาบจะบาน