ในอดีต เคนจิและเพื่อนสมัยเด็ก ๆ ของเขาได้รวมตัวกันตั้งฐานทัพลับขึ้นกลางทุ่งหญ้า พวกเขาใช้มันเป็นที่เก็บซ่อนสมบัติส่วนตัว และมักจะนัดประชุมเพื่อคุยกันอย่างสนุกสนาน วันหนึ่งเคนจิได้เขียนเรื่องของ "คำทำนาย" ขึ้นมา มันเป็นเรื่องขององค์กรร้ายที่พยายามจะทำลายโลกด้วยวิธีต่าง ๆ ทั้งเชื้อโรคร้าย หุ่นยนต์ยักษ์ แต่ในวันที่โลกจะถูกทำลาย "เคนจิและเพื่อน" จะปรากฏตัวออกมาเพื่อหยุดยั้งการกระทำอันเลวร้ายนั้นลง และนำสันติสุขกลับคืนมา เรื่องราวเหล่านี้ถูกบันทึกไว้ใน"บันทึกคำทำนาย" และเก็บใส่กล่องฝังไว้ใต้ดิน รอวันเวลาที่โลกเกิดความระส่ำระสายขึ้น พวกเขาจะเปิดมันออกมาอีกครั้ง

วันเวลาผ่านไป เคนจิและเพื่อน ๆ ต่างก็โตเป็นผู้ใหญ่ ต่างคนก็ต่างมีหน้าที่การงานที่ต้องทำ เรื่องราวของบันทึกคำทำนายคงถูกลืมเลือนไปตามกาลเวลา หากไม่บังเอิญวันหนึ่งที่เพื่อนคนหนึ่งในกลุ่มคือ ดองกี้ เสียชีวิตลงด้วยการฆ่าตัวตาย การตายของดองกี้ทำให้เคนจิสงสัยอย่างมาก เนื่องจากดองกี้เป็นคนที่ไม่มีวันฆ่าตัวตายแน่นอน ประจวบกับของสิ่งหนึ่งที่ดองกี้ทิ้งไว้ นั่นคือสัญลักษณ์ประหลาดที่คุ้นตาแต่ก็นึกไม่ออกว่าคืออะไร ทำให้เคนจิตัดสินใจออกตามหาความลับของเครื่องหมายปริศนา และรวบรวมเพื่อนๆสมัยเด็กที่ยังเหลืออยู่มาช่วยกันกอบกู้โลกจากองค์กรชั่วร้าย แต่พวกเขายังไม่ตระหนักเลยว่าสิ่งที่พวกเขากำลังจะเผชิญหน้านั้นร้ายกาจเกินกว่าที่คาดนัก

เนื้อเรื่องของทเวนตี้เซนจูรี่บอยมีหลายส่วนหลายช่วงเวลา เรื่องราวเล่าตั้งแต่วัยเด็กของเคนจิ ในปีโชวะที่ 40 หรือประมาณปี 1969-1971 "เพื่อน" เริ่มต้นที่นั่น ช่วงเวลาที่ 2 ซึ่งเป็นช่วงของเคนจิคือปี 1997-2000 เคนจิรวบรวมเพื่อนๆในวัยเด็ก เพื่อต่อสู้กับเหล่าองค์กรชั่วร้ายที่เรียกตัวเองว่า "เพื่อน" แต่ทว่าทุกอย่างกลับตาลปัตร "เพื่อน"กลับกลายเป็นฮีโร่ ในขณะที่เคนจิกลับกลายเป็นอาชญากร ช่วงเวลาที่ 3 ปี 2014-2015 เป็นช่วงเวลาของคันนะ ลูกสาวของพี่สาวของเคนจิที่เคนจิดูแลแต่เด็ก เธอต้องการฉีกหน้ากากของเพื่อนออกมาให้ได้ เธอจะทำสำเร็จหรือไม่ ในขณะที่ "เพื่อน" ควบคุมอำนาจทั่วญี่ปุ่นแล้ว เขารอเวลาที่จะครองโลกเท่านั้น