ท่าอากาศยานแห่งนี้สร้างขึ้นบนเกาะขนาดใหญ่ที่เกิดขึ้นจากการถมทะเลระหว่างเกาะเช็คแลปก๊กและเกาะ Lam Chau จนกลายเป็นเกาะเดียว เกาะเดิมทั้ง 2 เกาะนี้ถูกปรับพื้นผิวให้ราบเรียบ ครอบครองพื้นที่ประมาณ 25% ของพื้นที่ท่าอากาศยานทั้งหมดซึ่งมีขนาด 12.48 ตารางกิโลเมตร มีทางเชื่อมต่อกับส่วนเหนือของเกาะลันเตา ใกล้กับหมู่บ้านประวัติศาสตร์ Tung Chung ซึ่งปัจจุบันถูกขยายออกเป็นเมืองใหม่ การปรับปรุงพื้นที่สำหรับท่าอากาศยานแห่งนี้ ทำให้เกิดพื้นดินใหม่เป็นพื้นที่ 1% ของพื้นที่ทั้งหมดของฮ่องกง ท่าอากาศยานแห่งนี้เปิดเพื่อใช้งานแทนท่าอากาศยานไคตั๊กที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ของเกาลูนซิตี ซึ่งจัดว่าไม่ปลอดภัยเนื่องมาจากรันเวย์เดี่ยวที่ยื่นออกไปในอ่าวเกาลูนและพื้นที่ที่ติดกับย่านที่พักอาศัย

การสร้างท่าอากาศยานใหม่เป็นเพียงส่วนหนึ่งของ Airport Core Programme ซึ่งยังมีแผนการก่อสร้างถนนและทางรถไฟใหม่เชื่อมต่อกับท่าอากาศยานด้วยสะพานและอุโมงค์ต่างๆ และโครงการพัฒนาที่ดินทั้งบนเกาะฮ่องกงและในเกาลูนอีกด้วย ตามบันทึกสถิติใน Guinness World Records แล้ว โครงการนี้เป็นโครงการก่อสร้างท่าอากาศยานที่ใช้งบประมาณสูงที่สุด และการก่อสร้างท่าอากาศยานแห่งใหม่นี้ยังได้รับการลงคะแนนให้เป็น 1 ใน 10 สุดยอดงานก่อสร้างแห่งศตวรรษที่ 20 ในการประชุม ConExpo เมื่อ พ.ศ. 2542

ท่าอากาศยานแห่งนี้เปิดใช้งานเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พ.ศ. 2541 โดยใช้เวลาก่อสร้างนาน 6 ปี และงบประมาณก่อสร้างทั้งหมด 20,000 ล้านเหรีญสหรัฐ กลุ่มสถาปนิกผู้ออกแบบคือ Foster and Partners ช่วง 3-5 เดือนแรกที่เปิดใช้ ท่าอากาศยานแห่งนี้ประสบปัญหาหลายๆเรื่อง ทั้งด้านการบริหาร เทคนิค และเครื่องมืออุปกรณ์ต่างๆ ปัญหาเหล่านี้เกือบทำให้การใช้งานท่าอากาศยานต้องหยุดชะงัก จนครั้งหนึ่งทางรัฐบาลต้องเปิดอาคารคลังสินค้าที่ท่าอากาศยานไขตั๊กขึ้นใช้ใหม่เพื่อรองรับการขนส่งสินค้าเนื่องมาจากอาคารคลังสินค้าแห่งใหม่ที่มีชื่อว่า Super Terminal 1 ไม่สามารถใช้ปฏิบัติงานได้อย่างเรียบร้อย จนกระทั่งหลังจากเปิดใช้งานท่าอากาศยานได้ 6 เดือน ปัญหาต่างๆเริ่มได้รับการจัดการคลี่คลายลง และท่าอากาศยานเริ่มใช้งานได้อย่างเรียบร้อยมากขึ้น