อาคารผู้โดยสาร 1

อาคารผู้โดยสาร 1 เป็นอาคารหลักของสนามบินนี้ ปัจจุบันอยู่ในระหว่างการปรับปรุงและก่อสร้างส่วนต่อขยาย เมื่อเสร็จสมบูรณ์ จะรองรับผู้โดยสารได้ถึง 9 ล้านคนต่อปี จากเดิม 2.5 ล้านคนต่อปี ภายในอาคารมีร้านคาปลอดภาษี, ศูนย์บริการนักท่องเที่ยว, ห้องรับรองสายการบิน และภัตตาคาร

ส่วนต่อขยายแรก เปิดใช้งานเมื่อวันที่ 19 สิงหาคม ค.ศ. 2008 สำหรับสายการบินระหว่างประเทศ และส่วนต่อขยายที่ 2 เปิดทำการในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 2010 สำหรับสายการบินภายในประเทศ เมื่อโครงการทั้งหมดเสร็จสมบูรณ์ อาคารนี้จะประกอบไปด้วย

• เคาน์เตอร์เช็ค-อิน 64 ช่วง
• เครื่องตรวจร่างกาย 2 เครื่อง และเครื่องตรวจกระเป๋าอีก 5 เครื่อง
• ช่องตรวจคนเข้าเมือง 36 ช่อง
• สายพานกระเป๋า 6 สาย
• ชั้นทั้งหมด 3 ชั้น (ชั้นแรก: ขาเข้า, ชั้นที่สอง: ที่ทำการสนามบิน, ชั้นที่สาม: เคาน์เตอร์เช็ค-อิน และขาออก)
• สะพานเทียบเครื่องบิน 9 ตัว
• หลุมจอดเครื่องบิน 17 หลุม
• ที่จอดรถ 1,400 คัน

เที่ยวบินแรกที่ได้ใช้งานในอาคารส่วนต่อขยายใหม่ คือ มาเลเซียแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 2637 ออกจากสนามบินเวลา 6 นาฬิกา 50 นาที มุ่งหน้าท่าอากาศยานนานาชาติกัวลาลัมเปอร์ ในขณะที่เที่ยวบินก่อนหน้าเมื่อเวลา 0 นาฬิกา 25 นาที ใช้งานในอาคารส่วนเก่า

มาเลเซียแอร์ไลน์ เป็นสายการบินหลักของท่าอากาศยานนานาชาติโกตากีนาบาลู[15]

อาคารผู้โดยสาร 2

อาคารผู้โดยสาร 2 สร้างขึ้นมาเพื่อใช้งานเป็นอาคารหลักแทนอาคารผู้โดยสาร 1 โดยตั้งอยู่ด้านข้างทางวิ่งจากอาคารผู้โดยสาร 1 อาคารนี้ใช้งานเป็นอาคารสายการบินราคาประหยัด โดยสายการบินที่เปิดใช้งาน คือ แอร์เอเชีย อาคารนี้ได้ปรับปรุงและเปิดใช้งานวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 2007 พร้อมกับคำโฆษก ท่องเที่ยวมาเลเซีย 2007 ในอนาคต อาจย้ายสายการบินอื่นมาที่อาคารนี้[16]

อาคาร 2 มีเคาน์เตอร์เช็ค-อิน 26 ช่อง ทั้งภายในและระหว่างประเทศ มีหลุมจอด 6 หลุม เครื่องบินหลักได้แก่ โบอิง 737 และแอร์บัส เอ 320 มีเครื่องตรวจกระเป๋า 7 ตัว ช่องตรวจคนเข้าเมือง 13 ช่อง อาคารนี้สามารถรองรับผู้โดยสารได้ถึง 3 ล้านคนต่อปี[9]