สนามบินปัตตานี หรือที่เรียกว่า “สนามบินบ่อทอง” ก่อตั้งขึ้นโดยกองทัพอากาศ ซึ่งใช้ในภารกิจสนับสนุนทางทหาร แต่เนื่องจากความต้องการในการขนส่งทางอากาศสูงขึ้น จึงมีการขยายและปรับปรุงท่าอากาศยานให้เหมาะสม และบริษัทเดินอากาศไทย ได้ทำการบินไปยังท่าอากาศยานปัตตานี ใน พ.ศ. 2506 โดยใช้เครื่องบินดักลาส ดีซี-3 ต่อมาได้พัฒนาปรับปรุงทางวิ่งยาว 1,400 เมตร เพื่อรองรับการขึ้น-ลงของเครื่องบินใบพัดแบบBAe Avro-748 และเครื่องบินชอร์ทบราเทอร์แบบ SD 3-30/60 ที่มีใช้ในกิจการพลเรือนขณะนั้น

หลังจากเดินอากาศไทย ได้รวมกิจการกับการบินไทย ต่อมาประสบปัญหาการให้บริการบินในเส้นทางหาดใหญ่-ปัตตานีไปและกลับ โดยได้ให้บริการด้วยเครื่องบินแบบ เอทีอาร์ 72 เนื่องจากมีปริมาณการเดินทางของผู้โดยสารอยู่ในเกณฑ์ต่ำมาก จึงขอหยุดทำการบินในเส้นทางดังกล่าวเป็นการชั่วคราว ซึ่งก็ได้รับอนุมัติจากกระทรวงคมนาคมให้หยุดบินตั้งแต่วันที่ 5 มกราคม พ.ศ. 2536 จนถึงวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2536 และในที่สุดจึงได้หยุดทำการบินถาวรใน พ.ศ. 2537 ปัจจุบันมีแต่อากาศยานของทางราชการ และอากาศยานเช่าเหมาลำขนาดเล็กใช้บริการที่ท่าอากาศยานแห่งนี้เท่านั้น[2]