ท่าอากาศยานนานาชาติเบตงกำเนิดขึ้นหลังจากที่คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2558 เห็นชอบในหลักการให้กรมท่าอากาศยาน (ทย.) กระทรวงคมนาคม ดำเนินโครงการก่อสร้างท่าอากาศยานเบตง ในวงเงิน 1,900 ล้านบาท ระยะเวลาดำเนินโครงการ 3 ปี (2559 – 2562) ซึ่งเป็นท่าอากาศยานแห่งใหม่ ลำดับที่ 29 สังกัดกรมท่าอากาศยาน และนับเป็นท่าอากาศยานของประเทศไทย แห่งที่ 39[1] ซึ่งจุดประสงค์ที่ก่อให้เกิดท่าอากาศยานเบตงนั้น เพื่อเป็นการแก้ไขปัญหาการคมนาคมในพื้นที่อำเภอเบตงที่มีสภาพภูมิประเทศเป็นภูเขาสูงชันไม่สะดวกต่อการเดินทาง และเป็นไปตามนโยบายของรัฐบาลที่ต้องการพัฒนาเศรษฐกิจและความมั่นคงในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ และสนับสนุนการพัฒนาเศรษฐกิจสังคม การเมือง และจะทำให้การคมนาคมขนส่งภายในจังหวัดยะลา และการเชื่อมต่อสู่ประเทศมาเลเซียที่ด่านเบตงและพื้นที่ใกล้เคียงจะสะดวกรวดเร็วยิ่งขึ้น

ล่าสุด คณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2560 อนุมัติให้ดำเนินการศึกษาความเป็นไปได้ในการขยายทางวิ่งท่าอากาศยานเบตงเพิ่มอีก 300 เมตรจากเดิม 1,800 เมตร เพิ่มเป็น 2,100 เมตร เพื่อให้สามารถรองรับอากาศยานขนาดใหญ่ อย่างแอร์บัส เอ320 และโบอิง 737

อาคารผู้โดยสาร ลานจอดอากาศยาน ทางขับ และทางวิ่ง ได้แล้วเสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2562[2] และอุปกรณ์อำนวยการเดินอากาศได้ติดตั้งแล้วเสร็จในต้นปี พ.ศ. 2563 แต่เนื่องจากเหตุการณ์โรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019ทำให้ต้องเลื่อนเปิดท่าอากาศยานอย่างไม่มีกำหนด[3]