สนามบินแม่ฮ่องสอน เริ่มก่อตั้งขึ้นประมาณกลางปี พ.ศ. 2482 พื้นที่เดิมเป็นที่นาของราษฎร โดยทางจังหวัดได้รับบริจาคจากคหบดี เมื่อได้มาจึงเพียงแต่ปรับคันนาให้เรียบพอเป็นที่ ขึ้น – ลง ของเครื่องบินได้ มีความยาวประมาณ 600 เมตร กว้าง 25 เมตร ทิศทางทางวิ่ง เหนือ –ใต้ อันเป็นที่ตั้งของสถานี NDB กำหนดการบินจึงขึ้นอยู่กับสภาพอากาศเป็นสำคัญ ในขณะนั้นไม่มีอาคารสถานีการบิน ผู้โดยสารที่จะมาขึ้นเครื่องบินต้องเข้าพักรอที่ใต้ถุนบ้านพักนายสถานีวิทยุคมนาคมของกรมไปรษณีย์โทรเลข ซึ่งอยู่ใกล้ๆ กับทางวิ่ง เมื่อมีเครื่องบินมา ขึ้น – ลง เจ้าหน้าที่ซึ่งมีที่ทำการอยู่ในเมืองจะนำล้อเกวียนเทียมโคคู่ ออกมารับสัมภาระของผู้โดยสารเข้าเมืองไป ระยะทางจากสนามบินเข้าสู่ตัวเมืองประมาณกิโลเมตรเศษ ไม่มีพาหนะอื่นในการเดินทางเข้าเมือง โดยมี บริษัท เดินอากาศไทย จำกัด เป็นผู้ทำการเปิดบินเป็นครั้งแรก ด้วยเครื่องบินแบบแฟร์ไชลด์ ซึ่งบรรทุกผู้โดยสารได้ เที่ยวละ 3 – 4 คน โดยมีเส้นทางบิน เชียงใหม่ – แม่ฮ่องสอน – แม่สะเรียง – เชียงใหม่

กระทั่งเกิดสงครามโลกครั้งที่ 2 จึงหยุดบินไประยะหนึ่ง เมื่อสงครามสงบ กองทัพอากาศไทยได้ปรับปรุงสนามบินอีกครั้ง โดยเปลี่ยนแนวทางวิ่งเป็น ทิศตะวันออก – ทิศตะวันตก พื้นผิวของทางวิ่ง เป็นดินลูกรังบดอัด ยาว 800 เมตร กว้าง 30 เมตร และเปิดให้ทำการบิน ขึ้น – ลง ได้ในเดือนกรกฎาคม 2489 ต่อมากองทัพอากาศได้มอบให้ สำนักงานการบินพลเรือน กรมการขนส่ง กระทรวงคมนาคม (ในขณะนั้น) เข้าปรับปรุงเป็นสนามบินพาณิชย์ และบริษัทเดินอากาศไทยได้นำ เครื่องบินแบบ แอล 5 ทำการบินแบบพาณิชย์ ในวันที่ 1 มีนาคม 2490[3]