ท่าเรือโยโกฮามะมีท่าเทียบเรือหลัก ๆ สิบแห่ง โดยมีท่าเทียบเรือฮมโมกุที่มีที่ทอดสมอเรือ 24 จุดเป็นจุดอำนวยความสะดวกหลักของท่าเรือ บริเวณท่าเรือมีอ่าวโอซัมบาชิที่รองรับการเดินทางเข้าออกของผู้โดยสารทางเรือ รวมถึงมีด่านตรวจคนเข้าเมือง ด่านศุลกากร และสถานกักกันสิ่งของต้องห้ามสำหรับรองรับการเดินทางระหว่างประเทศ มีอ่าวเดตามาจิ หรือที่เรียกกันว่า "อ่าวกล้วย" สำหรับรองรับพืชผักผลไม้ นอกจากนี้ยังมีอ่าวไดโกกุที่ตั้งอยู่บริเวณเกาะที่ถมขึ้นมาคิดเป็นพื้นที่ 321 เฮกตาร์สำหรับตั้งโกดังสินค้า มีท่าเทียบเรือ 7 ท่าถูกใช้โดยกองทัพสหรัฐอเมริกาที่ประจำการอยู่ในญี่ปุ่น และท่าเทียบเรืออื่น ๆ ใช้เก็บโครงเรือและทำหน้าที่อื่น ๆ