แต่หลังพระองค์ได้เสด็จขึ้นครองราชสมบัติได้ไม่นานก็ถูกลอบปลงพระชนม์ ดังตำนานพระธาตุหริภุญชัยได้กล่าวไว้ว่า "...พระยาซายคำถือเมืองได้ ๖ ปี มีลูกหญิงก็หลาย มีลูกชายก็มาก เถิงปีก่าดหม้า เดือน ๑๑ แรมค่ำ ๑ วันอาทิตย์ ไทยระวายยี (พ.ศ. 2086) ชาวดาบเรือนหื้อเสียชีวิตในคุ้มน้อยทั้งมวนแล..."[2] แสดงว่าท้าวซายคำได้ถูกเหล่าขุนนางลอบปลงพระชนม์ในคุ้มพร้อมด้วยครอบครัว โดยตำนานเมืองเชียงใหม่ได้ให้เหตุผลไว้ว่า "...เสวยเมืองบ่ชอบสราชธัมม์ เสนาอามาตย์พร้อมกัน ข้าพ่อท้าวชายเสียในปลีก่าเหม้า สก ๙๐๕ ตัว..."[1] แต่อย่างไรก็ตามหลักฐานเกี่ยวกับการลอบปลงพระชนม์ก็มีน้อยมากกว่าใครมีส่วนเกี่ยวข้องอย่างไรกับเหตุการณ์ครั้งนี้