ธงฉานของไทยเริ่มมีใช้ขึ้นครั้งแรกในรัชสมัยรัชกาลที่ 4 ในระยะเดียวกันกับการกำหนดให้ใช้ธงช้างเผือกพื้นแดงเป็นธงชาติสยาม โดยทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ใช้ธงรูปช้างเผือกหันหน้าเข้าเสาพื้นสีขาบชักไว้ที่หัวเรือหลวง เพื่อให้สามารถแยกแยะความแตกต่างของเรือค้าขายของเอกชนสยามกับเรือหลวงได้ชัดเจน และพระราชทานนามธงนี้ว่า "ธงเกตุ"

เมื่อมีการจัดระเบียบธงในสมัยรัชกาลที่ 5 ครั้งแรก โดยการประกาศใช้พระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ. 110 (พ.ศ. 2434) จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ กำหนดให้ใช้ธงช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นบนพื้นสีขาบเป็นธงฉานแทนธงเดิม (แต่ยังคงเรียกชื่อธงว่า ธงเกตุ) และใช้เป็นธงสำหรับหมายยศของนายทหารเรือชั้นนายพล โดยกำหนดจากตำแหน่งเสาเรือที่ชักธงฉานเป็นหลัก ดังนี้

• ตำแหน่งที่นายพลเรือเอก ชักขึ้นที่เสาใหญ่
• ตำแหน่งที่นายพลเรือโท ชักขึ้นที่เสาหน้า
• ตำแหน่งที่นายพลเรือตรี ชักขึ้นที่เสาท้าย[1]

ต่อมาได้มีการปรับปรุงการใช้ธงเกตุหลายครั้ง โดยในปี พ.ศ. 2440 ได้มีการเปลี่ยนชื่อธงเกตุเป็น "ธงฉาน" และกำหนดขอบเขตการใช้ธงให้ชัดเจนขึ้นว่า ธงนี้ใช้สำหรับชักขึ้นที่หน้าเรือหลวงทั้งปวง และยังคงใช้เป็นธงหมายยศนายพลเรือเอก โดยชักธงขึ้นที่เสาใหญ่ ส่วนธงหมายยศชั้นอื่น ๆ นั้น ได้กำหนดให้มีลักษณะต่างกันออกไปจากธงฉานเดิม โดยธงนายพลเรือโทจะมีจักรเพิ่มที่หน้ารูปช้างในธงฉาน 1 จักร ถ้าเป็นธงนายพลเรือตรีก็เพิ่มรูปจักรขึ้นเป็น 2 จักร ส่วนธงนายพลเรือจัตวานั้นใช้ธงฉานตัดชายเป็นรูปหางนกแซงแซวแทน ต่อมาก็ได้ปรับปรุงขอบเขตของการใช้ธงอีกครั้งใน พ.ศ. 2453 สมัยรัชกาลที่ 6 โดยมีข้อกำหนดเพิ่มเติมว่า ถ้าชักธงนี้ขึ้นที่ปลายพรวนเสาหน้าเรือลำใด เป็นเครื่องหมายว่าเรือลำนั้นเป็นเรือยามประจำอ่าว และใช้ธงนี้เป็นธงประจำกองทหารในเวลายกพลขึ้นบก

พ.ศ. 2460 ได้มีการเปลี่ยนแปลงธงชาติสยามมาเป็นธงไตรรงค์ ธงฉานจึงได้เปลี่ยนลักษณะจากเดิมมาเป็นแบบที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน คือ พื้นธงเป็นธงชาติ (ธงไตรรงค์) แต่ตรงกลางมีรูปสมอสอดวงจักรและมีพระมหามงกุฎอยู่เบื้องบน และใช้สีเหลืองเป็นสีประจำรูปนั้น ความหมายในการใช้ธงยังคงเหมือนเดิม ส่วนธงฉานรูปแบบเดิมนั้นก็ยังคงใช้ต่อไปในฐานะธงหมายยศนายทหารเรือจนถึง พ.ศ. 2479[2]

ภายหลังได้มีการกำหนดความหมายในการใช้ธงเพิ่มขึ้นอีกข้อหนึ่ง ตามพระราชบัญญัติธง พ.ศ. 2479 ว่า ถ้าชักขึ้นที่เสากาฟฟ์ของเรือลำใด เป็นเครื่องหมายว่าในเรือลำนั้นเป็นที่ตั้งของศาลทหาร ซึ่งดำเนินการพิจารณาคดีอยู่ ซึ่งได้ใช้มาจนถึง พ.ศ. 2522 จึงลดความหมายของการใช้ธงลงมาตามพระราชบัญญัติธงฉบับปัจจุบันเหลือเพียง ใช้เป็นธงหมายเรือพระที่นั่ง และเรือหลวง หรือ เป็นธงสำหรับหน่วยทหารเรือที่ยกพลขึ้นบก ซึ่งหน่วยทหารนั้น ไม่ได้รับพระราชทานธงไชยเฉลิมพล

• ธงเกตุ พ.ศ. 2398 - 2434
• ธงเกตุ พ.ศ. 2434 - 2440
  ธงฉาน พ.ศ. 2440 - 2460
• ธงฉาน พ.ศ. 2460 - ปัจจุบัน