แต่เดิมในสมัยโบราณ ธงชัยราชกระบี่ยุทธและธงชัยพระครุฑพ่าห์นี้จะเชิญไปใช้นำเสด็จพระราชดำเนินในกองทัพ เมื่อมีการสร้างธงชัยราชกระบี่ยุทธและธงชัยพระครุฑพ่าห์สำรับน้อยในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ราชองครักษ์เชิญธงสำรับน้อยเหล่านี้นำเสด็จฯ หากเป็นการเสด็จฯ โดยกระบวนราบ ให้ทหารบกเชิญธงชัยราชกระบี่ยุทธ ทหารเรือเชิญธงชัยพระครุฑพ่าห์ ถ้าเสด็จกระบวนรถม้า จึงให้ราชองครักษ์ทหารบกเชิญธงทั้งสองนาย โดยธงชัยราชกระบี่ยุทธอยู่ข้างขวา ธงชัยพระครุฑพ่าห์อยู่ข้างซ้าย

ต่อมาในปี พ.ศ. 2472 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ เมื่อยังดำรงพระอิสริยยศเป็น สมเด็จกรมพระ ได้ประทานพระกระแสว่า ธงชัยราชกระบี่ยุทธควรอยู่ข้างซ้าย ส่วนธงชัยพระครุฑพ่าห์ควรอยู่ข้างขวา โดยถือหลักประเพณีเดิมจากพระราชพิธีทวาทศมาศ พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงได้มีพระบรมราชโองการฯ ให้เปลี่ยนเสียให้ถูกต้อง เป็นราชประเพณีสืบมาจนทุกวันนี้