ธงชาติคิวบากำเนิดขึ้นโดย นายพลนาร์ซิสโก โลเปซ เมื่อวันที่ 25 มิถุนายน ค.ศ. 1849 (พ.ศ. 2392), ออกแบบธงโดย เอมิเลีย เทเบอร์ โตลอง.ธงผืนต้นแบบนั้นเริ่มใช้เมื่อ ค.ศ. 1849, เมื่อการเรียกร้องเอกราชเพื่อปลดปล่อยคิวบาจากอาณานิคมสเปน, ต่อมาชาวคิวบาที่ลี้ภัยในสหรัฐอเมริกา ที่ถูกอาณานิคมสเปนเนรเทศ ได้มีการรวมตัวจัดตั้งขบวนการปลดปล่อย ซึ่งนำโดยนายพลนาร์ซิสโก โลเปซ พร้อมกับประกาศใช้ธงที่ เอมิเลีย เทเบอร์ โตลอง ได้ออกแบบไว้ล่วงหน้า. ความหมายของธงชาติเป็นดังนี้ แถบตามยาวสีน้ำเงิน สามแถบ หมายถึง เมือง3แห่งในศตวรรษที่ 19 ส่วนความหมายอีกนัยหนึ่งนั้น หมายถึง เสรีภาพ ความสัมพันธ์ฉันพี่น้อง และ ความเสมอภาค, แถบสีขาว สองแถบ หมายถึง ความสะอาด ความบริสุทธิ์ของผู้ร่วมขบวนการปลดปล่อยชาติ. ดาวห้าแฉกสีขาวอยู่ภายในสามเหลี่ยมด้านเท่าสีแดง หมายถึง เอกราช และ อิสรภาพ ที่ต้องแลกด้วยส่วนเลือดเนื้อวีรชนบรรพบุรุษที่เสียสละเพื่อมาตุภูมิสงครามที่สมรภูมิคาร์เดนาส และ พลายิตาส (ค.ศ. 1850) โดยให้นิยามว่า ทองฟ้าสีแดงฉานท่ามกลางเลือดเนื้อวีรชนนักรบ, แม้ในสงครามปลดปล่อยชาติ ต้องพบเจอความพ่ายแพ้ในหลายครั้ง แต่ ธงผืนนี้ยังคงโบกสะบัดตลอดมา. ในอีกนัยหนึ่ง หมายถึงดาวดวงใหม่ที่อาจบวกเข้ากับ "กลุ่มดวงดาวอเมริกาเหนือที่แสนงดงาม" (ซึ่งก็คือธงชาติสหรัฐอเมริกา)