ธงชาตินครรัฐวาติกันเป็นธงรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ภายในแบ่งครึ่งเป็นแถบสองสีตามแนวตั้ง ครึ่งด้านต้นธงเป็นพื้นสีทอง ครึ่งด้านปลายธงเป็นพื้นสีขาว มีรูปกุญแจแห่งนักบุญเปโตรสีเงินและสีทองไขว้ภายใต้มงกุฎแห่งพระสันตะปาปา อันเป็นภาพตราแผ่นดินของนครรัฐวาติกัน ธงนี้นับเป็นธงชาติของ 1 ใน 2 ประเทศที่ใช้ธงรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ซึ่งอีกธงหนึ่งนั้นได้แก่ธงชาติสวิสเซอร์แลนด์ธงนี้เริ่มใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2472 อันเป็นปีที่สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 11 ลงพระนามในสนธิสัญญาลาเตรัน (Lateran Treaty) กับรัฐบาลอิตาลี ในการก่อตั้งรัฐอิสระแห่งใหม่ที่อยู่ภายใต้การปกครองของศาสนาจักรโรมันคาทอลิก ณ กรุงโรม โดยแบบของธงดังกล่าวอิงตามแบบของธงรัฐพระสันตะปาปาในอดีต