ความหมายของธงชาติของภูฏานมีดังนี้

• สีเหลือง ครึ่งบนของธงชาติ หมายถึง พระราชอำนาจแห่งพระมหากษัตริย์ เป็นสีที่แสดงถึงความเจริญรุ่งเรืองทั้งทางโลกและทางธรรม
• สีส้ม ครึ่งล่างของธงชาติ หมายถึง การปฏิบัติธรรมและความเสื่อมใสและศรัทธาของชาวภูฏานที่มีต่อศาสนาพุทธ
• มังกรที่อยู่ตรงกลางของธงชาติ หมายถึง ประเทศดรุกยุล มีความหมายว่าดินแดนแห่งมังกรสายฟ้า ซึ่งเป็นชื่อของประเทศภูฏานในภาษาฌงฆะ ตัวมังกรมีสีขาวบริสุทธิ์ แสดงออกถึงความจงรักภักดีของคนทุกเชื้อชาติ ทุกภาษาที่อยู่ในประเทศนี้ ท่าทีที่มังกรกำลังอ้าปากคำรามนั้น สื่อถึงความมีอำนาจน่าเกรงขามของเหล่าพระผู้เป็นเจ้าทั้งชายและหญิงที่ปกป้องภูฏาน