หลังสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2 สันนิบาตคอมมิวนิสต์แห่งยูโกสลาเวียได้มีอำนาจในการปกครองประเทศในปี ค.ศ. 1945 จึงได้มีการแบ่งเขตการปกครองเป็น 6 สาธารณรัฐย่อย มีธงชาติ และ ตราแผ่นดินของแต่ละแห่งในช่วงเวลาดังกล่าวนี้เอง ธงในแต่สาธารณรัฐของยูโกสลาเวียนั้นจะอ้างอิงบริบททางประวัติศาสตร์, ส่วนใหญ่จะอิงกับแบบธงสีอุดมการณ์ร่วมสลาฟ ประกอบดาวแดงขอบทองของลัทธิคอมมิวนิสต์ก็ได้ถูกเพิ่มเข้ามาในธงชาติแต่ละสาธารณรัฐ ยกเว้นในสาธารณรัฐทั้ง 2 แห่ง คือ บอสเนียและเฮอร์เซโกวินา และ มาซีโดเนีย ที่ใช้ธงพื้นสีแดงล้วน.