รัฐเจ้าผู้ครองนครทั้เจ็ดนั้น มีธงประจำรัฐเป็นของตนเอง โดยชัก หรือ ประดับร่วมกับธงสหพันธรัฐ, ยกเว้นรัฐฟูไจราห์ใช้ธงสหพันธรัฐเป็นธงประจำรัฐของตน.

เดิมนั้นสีแดงเคยใช้เป็นธงของกลุ่มชาติรอบอ่าวเปอร์เซีย. ในสมัยรัฐในอารักขาของจักรวรรดิบริติช ตั้งแต่ ค.ศ. 1820, ต่อมาได้เพิ่มสีขาวบนธงพื้นสีแดง. โดยมีแบบอย่างมาจาก ธงชาติบาห์เรน และ ธงชาติกาตาร์, ธงเหล่านั้นใช้มาจนถึงสมัยการรวมชาติเอมิเรตส์เมื่อ พ.ศ. 2514.

อาบู ดาบี

ธงรัฐอาบูดาบี มีลักษณะเป็นธงพื้นสีแดงเกลี้ยง ประกอบสี่เหลี่ยมสีขาวขนาดย่อมที่มุมบนคันธง.[1]

ดูไบ และ อัจมาน

ธงรัฐดูไบ และ รัฐอัจมาน ทั้งสองรัฐนั้นเดิมใช้ธงพื้นสีแดงเกลี้ยง. ต่อมาจึงได้เพิ่มแถบแนวตั้งสีแดงที่ด้านติดคันธง.[1]

ฟูไจราห์

ธงรัฐฟูไจราห์ เดิมใช้ธงพื้นสีแดงเกลี้ยงจนถึง ค.ศ. 1952 . ต่อมาได้เพิ่มขอบสีขาวลงบนธง ซึ่งธงผืนนี้ได้ใช้เป็นธงเรือของตน. ใช้สืบต่อมาถึงสมัยของ ชีคฮะมัด บิน มุฮัมมัด อัชชัรกี ได้ยกเลิกการใช้ธงแดงเกลี้ยง และ เปลี่ยนมาใช้ธงสหพันธรัฐเมื่อ ค.ศ. 1975.

ราสอัลไคมาห์ และ ชาร์จาห์

ธงรัฐราสอัลไคมาห์ และ รัฐชาร์จาห์ ใช้ธงพื้นสีขาวประกอบสี่เหลี่ยมสีแดงที่ตรงกลางธง.

อุมม์อัลไกไวน์

ธงรัฐอุมม์อัลไกไวน์ เดิมใช้ธงประจำรัฐรัฐดูไบ และ อัจมาน ต่อมาได้มีการเพิ่มรูปดาวห้าแฉกสีขาว และ พระจันทร์เสี้ยว โดยปลายหันเข้าหาด้านเสาธง มีลักษณะคล้ายกับธงชาติตุรกี.[1]