ธงชาติอินโดนีเซียมีชื่อเรียกต่างๆ ดังนี้

• "ซังเมราห์ปูติห์" ("Sang Merah Putih", สีแดง-ขาว) - ชื่ออย่างเป็นทางการตามที่บัญญัติในมาตรา 35 ของรัฐธรรมนูญแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซีย ค.ศ. 1945
• "ซังดวีวาร์นา" ("Sang Dwiwarna", สองสี), "เบนเดราเมราห์ปูติห์" ("Bendera Merah Putih", ธงแดง-ขาว) - ชื่อเรียกโดยทั่วไป
• "ซังซากาเมราปูติห์" ("Sang Saka Merah Putih", สีแดง-ขาวอันสูงส่ง) - ชื่อที่ใช้อ้างอิงถึงธงในประวัติศาสตร์ที่มีชื่อว่า "เบนเดราปุซากา" ("Bendera Pusaka", อาจแปลความว่า "ธงอันเป็นมรดกตกทอด") และผืนธงที่ทำจำลองขึ้นจากธงนี้ ธงเบนเดราปุซากาเป็นธงที่ได้ปลิวสะบัดอยู่ที่หน้าบ้านพักของนายซูการ์โนในเวลาไม่นานหลังจากที่เขาได้กล่าวคำประกาศเอกราชของประเทศ เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2488 ผืนธงตัวต้นแบบนั้นเย็บโดยนางฟัตมาวาตี ซูการ์โน (ภริยาคนที่ 3 ของซูการ์โน และเป็นมารดาของนางเมกาวาตี ซูการ์โนบุตรี) และจะมีการอัญเชิญขึ้นสู่ยอดเสาธงที่หน้าทำเนียบประธานาธิบดีในพิธีฉลองวันประกาศเอกราชของทุกปี ธงนี้ได้ถูกชักขึ้นครั้งสุดท้ายในวันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ. 2511 หลังจากนั้นจึงได้มีการผ่านกระบวนการอนุรักษ์และจัดทำธงจำลองขึ้นใช้แทน เพราะตัวธงของเดิมมีสภาพที่บอบบาง เสี่ยงต่อการชำรุดเสียหายมาก[1]