ธงชาติเซาท์ซูดาน เป็นธงรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า พื้นธงแบ่งเป็นสามแถบตามแนวนอน โดยแถบกลางธงเป็นแถบสีแดงขนาบด้วยขอบสีขาวที่ตอนบนและตอนล่าง แถบบนสุดมีสีดำ แถบล่างสุดเป็นสีเขียว ลักษณะดังกล่าวนี้คล้ายคลึงกับธงชาติเคนยามาก ทึ่ด้านคันธงนั้นมีรูปสามเหลี่ยมสีน้ำเงิน ภายในมีรูปดาวห้าแฉกสีเหลืองดวงหนึ่ง ธงดังกล่าวนี้เดิมใช้เป็นธงของขบวนการประชาชนปลดปล่อยซูดาน (Sudan People's Liberation Movement) ต่อมาจึงถือเป็นธงของรัฐบาลเซาท์ซูดานอย่างเป็นทางการภายหลังการลงนามในความตกลงสันติภาพเบ็ดเสร็จเพื่อยุติสงครามกลางเมืองซูดานครั้งที่สอง[1]ในธงนี้ สีดำเป็นสัญลักษณ์แทนตัวชาวซูดาน สีแดงคือสีของเลือดที่หลั่งออกมาเพื่ออิสรภาพ สีเขียวหมายถึงผืนแผ่นดิน[2] ส่วนดาวสีทอง หรือดาวแห่งเบธเลเฮมนั้น เป็นตัวแทนของความสามัคคีระหว่างรัฐของเซาท์ซูดาน[3][4]