ประเทศเลโซโทมีธงชาติขึ้นเป็นธงแรกอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม ค.ศ. 1966 อันเป็นวันที่เลโซโทประกาศเอกราชสมบูรณ์จากสหราชอาณาจักร ลักษณะของธงดังกล่าวเป็นรูปสีเหลี่ยมผืนผ้าพื้นสีน้ำเงิน ที่ด้านต้นธงมีแถบแนวตั้งสองแถบสีเขียวและสีแดง ในพื้นสีน้ำเงินมีรูปหมวกโมโกรอทโลสีขาว ซึ่งแต่ละสีนั้นมีความหมายต่างๆ ดังนี้ สีน้ำเงินหมายถึงท้องฟ้าและสายฝน สีขาวหมายถึงสันติภาพ สีเขียวหมายถึงแผ่นดิน สีแดงหมายถึงความศรัทธา

ต่อมาในปี ค.ศ. 1986 คณะทหารได้ทำการรัฐประหารรัฐบาลพรรคคณะชาติบาโซโท (Basotho National Party) ซึ่งได้ปกครองประเทศมายาวนานถึง 20 ปี หลังจากนั้นจึงได้มีการออกแบบธงชาติใหม่โดยรัฐบาลทหาร โดยแบบธงที่ได้รับเลือกนั้นเป็นผลงานการออกแบบของนายสิบเอกเรเชลิซิโช มาเตเต (Sergeant Retšelisitsoe Matete)[3] และได้ประกาศใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 20 มกราคม ค.ศ. 1987 ลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า ภายในแบ่งพื้นที่ออกเป็นรูปสามเหลี่ยมขนาดใหญ่สองรูปด้วยแถบทแยงสีน้ำเงินซึ่งพาดจากมุมขวาบนไปยังมุมซ้ายล่าง สามเหลี่ยมตอนบนเป็นพื้นสีขาว ที่มุมบนสุดมีรูปโล่แบบชาวบาโซโทพร้อมด้วยหอกและตะบองไขว้สีน้ำตาล แม้ลักษณะของธงจะเปลี่ยนไปจากเดิม แต่ความหมายของสีธงยังคงมีความหมายคล้ายคลึงกับความหมายในธงสมัยก่อนหน้า กล่าวคือ สีน้ำเงินหมายถึงสายฝน สีขาวหมายถึงสันติภาพ สีเขียวหมายถึงความเจริญรุ่งเรือง

ในปี ค.ศ. 2006 ราชอาณาจักรเลโซโทได้มีประกวดแบบธงชาติใหม่อีกครั้ง โดยแบบที่ได้รับการคัดเลือกสี่แบบสุดท้ายนั้นล้วนมีรูปหมวกโมโกรอทโลเป็นองค์ประกอบหลักแทนรูปโล่บาโซโทและดาบตะบองไขว้อยู่ด้วยทุกแบบ ซึ่งรูปหมวกโมโกรอทโลในแบบธงที่ได้รับเลือกนั้นได้รับการแก้ไขให้เป็นสีดำเพื่อแสดงความหมายถึงความเป็นชาติของคนผิวดำ สภาแห่งชาติของเลโซโทได้รับรองพระราชบัญญัติแก้ไขธงชาติเมื่อวันที่ 18 กันยายน ค.ศ. 2006 โดยมีสมาชิกรัฐสภาลงคะแนนเสียงรับรอง 84 เสียง คัดค้าน 18 เสียง งดออกเสียง 2 เสียง[3] และผ่านการรับรองในชั้นของวุฒิสภาในเวลาต่อมา ก่อนจะประกาศใช้อย่างเป็นทางการในวันที่ 4 ตุลาคม ปีเดียวกัน แบบธงดังกล่าวนี้คือธงชาติเลโซโทที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน[2]