ต้นกำเนิดของธงชาติแอลจีเรียนี้มีที่มาจากธงประจำตัวของเอเมียร์ อับเดล กาเดร์ (Emir Abdel Kadir) เอมียร์แห่งแอลจีเรียในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 19 ซึ่งเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้าพื้นสีเขียวและสีขาวแบ่งครึ่งตามแนวตั้ง และได้รับแรงบันดาลใจมาจากธงผู้สำเร็จราชการแผ่นดินแห่งแอลจีเรียในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 16 - 19 ซึ่งมีลักษณะเป็นธงรูปเดือนเสี้ยวและดาวสีขาวบนพื้นสี่เหลี่ยมผืนผ้าสีแดง (ธงดังกล่าวนี้มีลักษณะอย่างเดียวกับธงชาติตุรกีในปัจจุบัน เพราะในเวลานั้นแอลจีเรียมีฐานะเป็นรัฐปกครองตนเองภายใต้อำนาจของจักรวรรดิออตโตมาน) ทั้งนี้ สีแดง สีขาว สีแดง รวมทั้งรูปจันทร์เสี้ยวและดาว ล้วนเป็นสัญลักษณ์ที่ชาติอิสลามนิยมใช้เป็นเครื่องหมายของตนเองในอดีต อย่างไรก็ตาม แม้ประวัติศาสตร์เกี่ยวกับธงชาติแอลจีเรียส่วนมากจะไม่กระจ่างแจ้งนัก แต่เป็นที่เชื่อกันว่าธงนี้ได้รับการออกแบบขึ้นในปี ค.ศ. 1928 โดยผู้นำขบวนการชาตินิยมแอลจีเรียชื่อ เมสซาลี ฮัจญ์ (Messali Hadj)