ธงชาติไซปรัส (กรีก: ΣημαίατηςΚύπρου; ตุรกี: Kıbrıs bayrağı) ที่ใช้อยู่ในปัจจุบันเริ่มใช้อย่างเป็นทางการนับตั้งแต่วันที่ 16 สิงหาคม ค.ศ. 1960 ตามข้อตกลงซูริคและลอนดอน ซึ่งกำหนดให้ไซปรัสมีสถานะเป็นรัฐเอกราชและมีรัฐธรรมนูญเป็นของตนเองลักษณะของธงชาติไซปรัสเป็นรูปแผนที่ของเกาะไซปรัสทั้งหมด รองรับด้วยช่อมะกอกสองช่อบนพื้นสี่เหลี่ยมผืนผ้าสีขาวอันเป็นสัญลักษณ์ของสันติภาพ ส่วนช่อมะกอกคู่นอกจากจะหมายถึงสันติภาพโดยทั่วไปแล้ว ยังมีความหมายเฉพาะเจาะจงถึงสันติภาพระหว่างชาวเติร์กและชาวกรีก ซึ่งเป็นประชากรสองกลุ่มใหญ่ของประเทศ สีของแผนที่เกาะไซปรัสนั้นเป็นสีเหลืองทองแดง มีความหมายถึงแร่ทองแดงซึ่งเป็นทรัพยากรที่มีอยู่มากภายในเกาะ (โดยหลักแล้วมักอยู่ในรูปของชาลโคไพไรต์ (chalcopyrite) ซึ่งมีสีเหลือง) อันเป็นที่มาแห่งนามของเกาะนี้ไซปรัสเดินเป็นดินแดนที่มีชาวกรีกอาศัยอยู่ ต่อมาได้ถูกจักรวรรดิออตโตมาน (ปัจจุบันคือประเทศตุรกี) พิชิตได้ในปี ค.ศ. 1571 นำมาซึ่งการตั้งถิ่นฐานของชาวเติร์กในไซปรัส หลังจากนั้นไซปรัสก็ได้ตกอยู่ในความปกครองของสหราชอาณาจักรในปี ค.ศ. 1878 การออกแบบธงชาติไซปรัสซึ่งได้มีการยอมรับอย่างเป็นทางการเมื่อมีการประกาศเอกราชในปี ค.ศ. 1960 เป็นความพยายามที่จะเลือกใช้สัญลักษณ์ของชาติที่สื่อถึงสันติภาพและความปรองดองระหว่างประชาคมชาวกรีกและชาวเติร์กซึ่งเป็นคู่ขัดแย้งกันมาโดยตลอด ทว่าแนวคิดดังกล่าวก็มิได้เป็นจริง ในปี ค.ศ. 1974 กองทัพตุรกีได้เข้ารุกรานและยึดครองดินแดนภาคเหนือของเกาะไซปรัส พร้อมทั้งจัดตั้งสาธารณรัฐตุรกีแห่งไซปรัสเหนือ ซึ่งเป็นรัฐชาติที่มีเพียงตุรกีเพียงชาติเดียวเท่านั้นที่ให้การยอมรับในทางพฤตินัย สาธารณรัฐดังกล่าวได้กำหนดธงชาติของตนเองขึ้นให้คล้ายกับธงชาติตุรกี โดยที่ใช้สีสลับกันกับธงชาติตุรกีและแถบสีแดงพาดบนธง 2 แถบ ในดินแดนไซปรัสเหนือนั้นมักจะชักธงชาติของตนขึนร่วมกับธงชาติตุรกี ในขณะที่ดินแดนที่เหลือทางตอนใตนิยมจะชักธงชาติไซปรัสร่วมกับธงชาติกรีซ