ก่อนที่ไซปรัสจะมีธงชาติของตนเองนั้น ชาวไซปรัสได้เลือกใช้ธงชาติกรีซและธงชาติตุรกีเป็นสัญลักษณ์ตามกลุ่มประชาคมของตนเอง ส่วนธงชาติไซปรัสที่ใช้อยู่ในปัจจุบันนั้นเป็นแบบธงที่ชนะเลิศการประกวดแบบธงชาติในปี ค.ศ. 1960 ตามรัฐธรรมนูญของไซปรัสได้ระบุว่า ธงชาติจะต้องไม่ประกอบด้วยทั้งสีน้ำเงินและสีแดง และไม่มีทั้งเครื่องหมายกางเขน (สัญลักษณ์ในศาสนาคริสต์) และรูปเดือนเสี้ยว (สัญลักษณ์ในศาสนาอิสลาม) ทั้งนั้เพราะสีน้ำเงินและรูปกางเขนเป็นสัญลักษณ์ที่ใช้ในธงชาติกรีซ ส่วนสีแดงและจันทร์เสี้ยวเป็นสัญลักษณ์ในธงชาติตุรกี ผู้ที่มีส่วนร่วมในการออกแบบธงชาติไซปรัสจึงพยายามหลีกเลี่ยงที่จะใช้สัญลักษณ์ทั้งสี่อย่างนี้เพื่อพยายามให้ธงชาติที่ออกมามีลักษณะที่ "เป็นกลาง" ให้มากที่สุด

แบบธงชาติไซปรัสที่ชนะการประกวดนั้นมีพื้นฐานมาจากแบบธงซึ่งเสนอโดย อิสเม็ท กือนีย์ (İsmet Güney) จิตรกรชาวไซปรัสเซื้อสายตุรกี[1] แบบธงดังกล่าวนี้ได้รับการเลือกจากประธานาธิบดีมาการิออสที่ 3 ประธานาธิบดีคนแรกแห่งสาธารณรัฐไซปรัส ร่วมด้วยความเห็นชอบจากรองประธานาธิบดีฟาซิล กือซึก (Fazil Küçük)

แม้ว่าการกำหนดธงชาติไซปรัสดังกล่าวจะมีการเลือกแบบที่ประชาคมทั้งสองกลุ่มสามารถใช้ร่วมกันได้ เพื่อพยายามสร้างความสามัคคีระหว่างชนทั้งสองกลุ่ม และมีการกำหนดในรัฐธรรมนูญของสาธารณรัฐไซปรัส ให้มีการใช้ธงชาติไซปรัสร่วมกันกับทั้งธงชาติของกรีซและตุรกี (สถาบันและองค์กรต่างๆ ของรัฐจะต้องแสดงธงชาติไซปรัสร่วมกับธงชาติกรีซและธงชาติตุรกี ส่วนพลเรือนอาจเลือกชักธงชาติไซปรัสขึ้นร่วมกับธงชาติกรีซหรือธงชาติตุรกีเพียงใดธงหนึ่ง หรือจะชักร่วมกันกับธงของทั้งสองชาติก็ได้) แต่ว่าในทางปฏิบัติแล้ว ธงชาติไซปรัสมักจะถูกใช้โดยชาวไซปรัสเชื้อสายกรีกเท่านั้น ต่อมาเมื่อเกิดการรุกรานไซปรัสโดยตุรกีและการสถาปนาไซปรัสเหนือขึ้นเป็นรัฐซึ่งประกาศเอกราชเพียงฝ่ายเดียว ชาวไซปรัสเชื้อสายตุรกีจึงเลือกใช้ธงชาติไซปรัสเหนือเป็นธงของกลุ่มตนเอง