ธงพระอิสริยยศตามอย่างธรรมเนียมตะวันตกมีจุดเริ่มต้นในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อพระองค์ได้สถาปนาธงประจำพระองค์ขึ้นอย่างหนึ่งตามอย่างธรรมเนียมยุโรป คือ ธงมหามงกุฎ หรือ ธงจอมเกล้า ใน พ.ศ. 2398 พร้อมกับกับการกำหนดให้ธงช้างเผือกเป็นธงชาติสยาม มีลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า พื้นนอกสีแดง พื้นในสีขาบ กลางธงมีรูปพระมหาพิชัยมงกุฎและมีฉัตร 7 ชั้นขนาบสองข้าง ซึ่งจำลองจากตราพระราชลัญจกรพระมหามงกุฎ อันเป็นพระราชลัญจกรประจำรัชกาล เพื่อใช้ชักขึ้นบนเสาเรือพระที่นั่งเป็นที่หมายว่าได้เสด็จพระราชดำเนินโดยเรือลำนั้น นอกจากนี้ยังโปรดเกล้าฯ ให้ชักธงนี้ขึ้นบนเสาธงในพระบรมมหาราชวัง เพื่อระบุว่าพระองค์ประทับอยู่ในพระนคร และให้ใช้เป็นธงประจำกองทหารเกียรติยศในเวลาที่พระเจ้าแผ่นดินประทับในพระนครด้วย นอกจากนี้ยังได้โปรดเกล้าฯ ให้ชักธงอีกอย่างหนึ่งขึ้นประจำเสาธงในพระบรมมหาราชวัง คือ ธงไอยราพต เพื่อเป็นเครื่องหมายว่าพระองค์มิได้ประทับอยู่ในพระนคร ธงนี้เป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้าพื้นแดง มีรูปตามอย่างพระราชลัญจกรไอยราพต กล่าวคือ เป็นรูปช้างเอราวัณสามเศียรยืนหันหน้าเข้าเสาธง เทินบุษบกอุณาโลม ด้านซ้ายขวาล้อมด้วยเครื่องสูงเป็นฉัตร 7 ชั้นข้างละ 2 คัน ส่วนพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้ใช้ ธงจุฑามณี หรือ ธงปิ่น เป็นธงประจำพระองค์ มีลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า พื้นสีขาบ กลางธงมีรูปพระจุฑามณี (ปิ่นปักผม) ตั้งบนพานแว่นฟ้าซึ่งประดิษฐานอยู่เหนือตั่ง และมีฉัตร 7 ชั้นขนาบสองข้าง โดยจำลองแบบจากตราพระราชลัญจกรพระจุฑามณี อันเป็นพระราชลัญจกรประจำพระองค์ โปรดเกล้าฯ ให้ชักธงนี้ขึ้นบนเสาธงในพระบวรราชวัง เพื่อระบุว่าพระองค์ประทับอยู่ในพระนคร

• พระราชลัญจกรมหามงกุฏ ประจำพระองค์พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
• ธงมหามงกุฎ
• ภาพจำลองลายเส้นพระราชลัญจกรไอยราพต องค์ใหญ่
• ธงไอยราพต
• พระราชลัญจกรจุฑามณี ประจำพระองค์พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว
• ธงจุฑามณี

ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติว่าด้วยแบบอย่างธงสยาม ร.ศ. 110 เพื่อจัดระเบียบการใช้ธงต่างๆ ในประเทศสยามขณะนั้นเป็นครั้งแรก ในส่วนของธงพระอิสริยยศนั้น ได้มีการกำหนดขึ้นจำนวน 3 ชนิด โดยเป็นธงสำหรับพระมหากษัตริย์ 2 ชนิด สำหรับราชตระกูล 1 ชนิด

ธงประจำพระองค์สำหรับพระมหากษัตริย์นั้น อย่างหนึ่งเรียกชื่อว่า ธงบรมราชธวัชมหาสยามินทร์ ลักษณะคล้ายกับธงมหามงกุฎ แต่เปลี่ยนเครื่องหมายกลางธงจากรูปพระมหาพิชัยมงกุฎและฉัตร 7 ชั้น เป็นรูปโล่อาร์มอย่างตะวันตก ลวดลายในโล่นั้นแบ่งเป็น 3 ช่อง ช่องบนเป็นรูปช้างสามเศียรยืนแท่นหน้าตรงในพื้นสีเหลือง ช่องซ้ายล่างเป็นรูปช้างเผือกทรงเครื่องยืนแท่นในพื้นสีแดง ช่องขวาล่างเป็นรูปกริชมลายู 2 เล่มไขว้กันบนพื้นสีแดง มีพระมหาพิชัยมงกุฏและตราจักรีคร่อมอยู่ด้านบน ขนาบด้วยฉัตร 7 ชั้นทั้งสองข้างแทน ตราดังกล่าวนี้นำมาจากตราแผ่นดินในเวลานั้น ธงอีกอย่างหนึ่งเรียกชื่อว่า "ธงจุฑาธิปไตย" มีลักษณะอย่างธงไอยราพต เว้นแต่ว่าในบุษบกนั้นเปลี่ยนจากรูปอุณาโลมเป็นตราพระปรมาภิไธยย่อ จ.ป.ร. ภายใต้พระเกี้ยว สำหรับชักขึ้นในพระนครเวลาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมิได้ประทับอยู่ในพระบรมมหาราชวัง

• พระราชลัญจกรตราแผ่นดิน (ตราอาร์ม)
• ธงบรมราชธวัชมหาสยามินทร์
• ธงจุฑาธิปไตย

ส่วนธงพระอิสริยยศสำหรับราชตระกูลนั้นกำหนดขึ้นชั้นเดียว เรียกว่า ธงเยาวราชธวัช ลักษณะเป็นธงพื้นแดงมีรูปโล่ตราแผ่นดินภายใต้เครื่องหมายจักรี ใช้สำหรับพระบรมราชเทวี พระราชเทวี พระราชโอรส พระราชธิดาของพระเจ้าแผ่นดิน พระบรมวงศ์ที่ทรงกรม และพระองค์เจ้าในพระบรมมหาราชวัง เป็นต้น ซึ่งมีราชอิสริยยศสมควรที่จะได้รับสลุตอย่างหลวง ราชตระกูลนอกจากนี้ถ้ามีราชการไปที่ใดต้องได้รับพระราชทานพระบรมราชานุญาตเป็นการพิเศษเสียก่อนจึงจะใช้ธงเยาวราชธวัชได้

ถึงปี พ.ศ. 2440 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติธง รัตนโกสินทรศก 116 เพื่อปรับปรุงระเบียบการใช้ธงใหม่ ในส่วนของธงพระอิสริยยศนั้นได้เปลี่ยนชื่อ ธงบรมราชธวัชมหาสยามินทร์ เป็น ธงมหาราช มีการกำหนดลักษณะสัดส่วนของธงและการใช้ธงให้ชัดเจนยิ่งขึ้น ยกเลิกธงจุฑาธิปไตยและฟื้นฟูการใช้ธงไอยราพตอีกครั้ง และยกเลิกธงเยาวราชธวัชพร้อมทั้งจำแนกธงพระอิสริยยศสำหรับราชตระกูลเสียใหม่ออกเป็น 4 ชั้น คือ ธงราชินี ธงเยาวราช ธงพระวรชายาแห่งพระเยาวราช และธงราชวงศ์ เมื่อรวมธงมหาราชด้วยแล้วจะมีธงพระอิสริยยศทั้งหมด 5 ชั้น อนึ่ง ธงราชวงศ์ที่บัญญัติขึ้นในครั้งนั้นมีแต่เพียงธงราชวงศ์ฝ่ายหน้าเท่านั้น ภายหลังจึงได้เพิ่มธงราชวงศ์ฝ่ายในขึ้นอีกชั้นหนึ่งในปี พ.ศ. 2442

• ธงพระอิสริยยศของไทย พ.ศ. 2440 - 2453
• ธงมหาราช
• ธงราชินี
• ธงเยาวราช
• ธงพระวรชายาแห่งพระเยาวราช
• ธงราชวงศ์ฝ่ายหน้า
• ธงราชวงศ์ฝ่ายใน
  (บัญญัติเมื่อ พ.ศ. 2442)

ในปี พ.ศ. 2453 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้บัญญัติแบบอย่างของธงพระอิสริยยศขึ้นใหม่ตามพระราชบัญญัติธง รัตนโกสินทรศก 129 โดยทรงจำแนกธงพระอิสริยยศเป็น 6 ชั้น สำหรับพระมหากษัตริย์ สมเด็จพระราชินี สมเด็จพระยุพราช พระวรชายาในพระยุพราช พระราชโอรสและพระราชธิดาในพระมหากษัตริย์ ตามลำดับ และทรงเปลี่ยนตราแผ่นดินในธงใหม่จากตราอาร์มเป็นตราพระครุฑพ่าห์ แบบธงที่บัญญัติขึ้นดังกล่าวนี้ยังคงได้ใช้สืบมาจนถึงทุกวันนี้ โดยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชได้โปรดเกล้าฯ ให้เพิ่มธงพระอิสริยยศขึ้นอีกชั้นหนึ่งคือ "ธงบรมราชวงศ์" ในปี พ.ศ. 2522 เพื่อถวายพระเกียรติแด่สมเด็จพระบรมราชชนนีเป็นราชประเพณีสืบไป