ธงคริสเตียนเกิดขึ้นครั้งแรกเมื่อวันที่ 26 กันยายน ค.ศ.1897 ที่โบสถ์ไบรตัน รัฐนิวยอร์ก ประเทศสหรัฐอเมริกาโดย ชาลส์ โอเวอร์ตัน ผู้อำนวยการโรงเรียนซันเดย์ ได้นัดหมายให้นักเรียนในโรงเรียนมารวมตัวกัน เพื่อร่วมกันพูดคุยในหัวข้อ "ธงของศาสนาคริสต์ควรมีลักษณะอย่างไร"[7] และได้ให้นักเรียนร่วมกันแสดงความคิดเห็นว่า ธงควรมีลักษณะอย่างไร สีเป็นอย่างไร และความหมายเป็นอย่างไร

ในปี ค.ศ.1907 ชาลส์ โอเวอร์ตัน และ ราล์ฟ ดีเฟนเดอร์เฟอร์ เลขานุการของกลุ่มมิชันนารีได้ออกมาเคลื่อนไหว เรื่องการออกแบบธงที่จะเป็นสัญลักษณ์ของศาสนาคริสต์[8] และได้ร่วมกันส่งเสริมให้ธงคริสเตียนนี้เป็นธงประจำศาสนาคริสต์อีกด้วย

พื้นของธงเป็นสีขาว เป็นตัวแทนของความสงบสุขความบริสุทธิ์และความไร้เดียงสา ในมุมด้านในเป็นสี่เหลี่ยมสีน้ำเงิน ซึ่งเป็นสีของท้องฟ้าที่สดใส เป็นสัญลักษณ์ของสวรรค์บ้านของคริสเตียนที่แท้จริง และยังเป็นสัญลักษณ์ของความเชื่อและความไว้วางใจในพระเจ้า กางเขนละตินสีแดงที่อยู่ในสีเหลี่ยมของสีน้ำเงินแสดงถึงความเป็นคริสตชนตามแบบฉบับของชาวคริสต์ ซึ่งสื่อถึงการไถ่บาปของพระเยซูคริสต์ให้กับมนุษย์[9]

องค์กรคริสเตียนทั่วโลกและสภาคริสตจักรแห่งชาติ ได้ประสบความสำเร็จในขณะนั้นโดยสภาคริสตจักรแห่งชาติได้ประกาศให้ประดับธงคริสเตียนพร้อมกันทั่วประเทศในวันที่ 23 มกราคม ค.ศ.1942[10] นักเขียนเพลงที่มีชื่อเสียงได้ประพันธ์เพลงประกอบธงคริสเตียนในชื่อ "คริสเตียน แฟลก" และได้รับเกียรติในการเรียบเรียงจาก อาร์ฮันติงตัน วูดแมน[11] ซึ่งธงคริสเตียนและเพลงคริสเตียนแฟลกนี้ไม่ได้มีการจดสิทธิบัตรแต่อย่างใด[12] เนื่องจากเป็นการร่วมมือกันในการสรรค์สร้างขึ้นมาในหมู่คริสตชน และเมื่อวันอาทิตย์ที่ 26 กันยายน ค.ศ.1997 ที่ผ่านมา เป็นวันฉลองวันครบรอบ 100 ปี ธงคริสเตียน