ตั้งแต่ ค.ศ. 1951, ภายหลังการจัดระเบียบใหม่และเปลี่ยนชื่อเป็นกองกำลังป้องกันแอฟริกาใต้ พร้อมกับธงแสดงสัญชาติของแต่ละเหล่าทัพ ในส่วนของกองกำลังป้องกันนั้น ยังไม่มีธงประจำหน่วยเป็นของตน.[1] เมื่อวันที่ 21 มีนาคม ค.ศ. 1981, เสนาธิการกองกำลังป้องกันแอฟริกาใต้ ได้ประกาศรับรองแบบธง' สำหรับหน่วยที่ยังไม่มีธงประจำหน่วย. ซึ่งมีรายละเอียดแบบธงดังนี้ ""ธงพื้นสีเขียว อัตราส่วน 2:3 มุมธงด้านคันธงมีรูปธงชาติสหภาพแอฟริกาใต้ ส้ม, ขาว, น้ำเงิน, ขอบสีขาว; ด้านปลายธงมีภาพตราราชการของกองกำลังป้องกันแอฟริกาใต้; สมอเรือสีน้ำเงินเข้มประกอบปีกนกสีฟ้า และ ดาบไขว้สีแสด บนฐานของปราสาทกูดโฮปพื้นสีขาวขอบในสีเขียว และ ขอบนอกสีทอง".[1][2]

ค.ศ. 1994 ภายหลังสิ้นสุดการถือผิว และ เนลสัน แมนเดลาได้รับเลือกตั้งให้เป็นประธานาธิบดีแอฟริกาใต้ กองทัพแอฟริกาใต้ได้จัดส่วนราชการโดยผนวกกองกำลังติดอาวุธของพรรคสมัชชาแห่งชาติแอฟริกา Umkhonto we Sizwe, the Pan Africanist Congress กองทัพปลดปล่อยประชาชนอซาเนีย และ หน่วยป้องกันตนเองของพรรคเสรีภาพอินคาตา ยกสถานะเป็นกองทัพแห่งชาติ เมื่อวันที่ 27 เมษายน ค.ศ. 1994.[3] พร้อมกับการแก้ไขธงแสดงสัญชาติ โดยการเปลี่ยนธงชาติที่มุมบนคันธงจากธงชาติสมัยสหภาพ ส้ม, ขาว, น้ำเงิน เป็นธงชาติแบบที่ใช้อยู่ในปัจจุบันนี้.[1][4] ธงแสดงสัญชาติกองทัพสมัยสหภาพใช้มาจนถึง เดือนกรกฎาคมในปีเดียวกัน พร้อมกับประกาศใช้ธงแสดงสัญชาติผืนใหม่ มีการใช้อย่างเป็นทางการครั้งแรกในพิธีสวนสนามที่เมือง โพโลเควน (ปีเตอร์สเบิร์ก) วันที่ 11 พฤศจิกายน ค.ศ. 1994.[4]

ค.ศ. 2003 ได้มีการแก้ไขแบบธง โดยเปลี่ยนตราราชการแบบเก่าสมัยสหภาพ เป็นแบบตราใหม่มีลักษณะเป็นรูปหอกสีเหลืองสี่เล่ม ใบหอกแต่ละเล่มจะเป็นสีประจำเหล่าทัพของตนรองรับด้วยงาช้างสองเล่ม ประกอบดาบไขว้ บนโล่เก้าแฉกสีเขียวขอบนอกสีทอง