ธนญชัย เริ่มต้นอาชีพจากการเป็นกราฟิก ดีไซเนอร์ ที่บริษัท สามหน่อ จำกัด ก่อนที่จะมาเริ่มต้นการทำงานเป็นผู้กำกับภาพยนตร์โฆษณาครั้งแรกที่ บริษัท ฟีโนมีน่า จำกัด โดยมีผลงานให้กับบริษัทและหน่วยงานต่างๆอาทิ เยสโล่ เพจเจจ ฟอร์ดคิงคอง สมูทอี เบบี้ เฟซ โฟม เซียงเพียงอิ๊ว กรุงเทพประกันภัย สสส. ฯลฯ

สไตล์โฆษณาที่โดดเด่นของธนญชัยคือ โทนสีโฆษณาแบบตุ่นๆ นักแสดงที่ไม่ได้มีหน้าตาดี แต่นำชาวบ้านธรรมดาเป็นนักแสดง และเสียงพากย์แกมประชดที่เขาเป็นผู้ให้เสียงเอง ซึ่งวงการโฆษณาโลกถือเป็นแนวทางใหม่ และทำให้เกิดโฆษณาที่นำแนวทางนี้ไปใช้ทั้งในและต่างประเทศเป็นจำนวนมาก[1] คว

จากแนวทางนี้เองทำให้ธนญชัยได้รับรางวัลจากการกำกับโฆษณา โดยเฉพาะรางวัลสิงโตเมืองคานส์ (Cannes Lion) ซึ่งถือเป็นรางวัลสูงสุดด้านโฆษณาของโลก ธนญชัยได้รับรางวัลระดับทองคำ (Gold Lions) มาเป็นเวลา 5-6 ปีติดต่อกัน จนได้รับการยอมรับว่าเป็นผู้กำกับโฆษณาอันดับต้นๆ ของโลก กระนั้นเขาก็ไม่ได้ขึ้นรับรางวัลเองเลย แม้บางปีเขาจะไปร่วมงานก็ตาม