การออกแบบธง สะท้อนให้เห็นระเบียบวิธีการหลายอย่างที่สืบเนื่องมาจากข้อห่วงใยเชิงปฏิบัติ สภาวะทางประวัติศาสตร์และกฎเกณฑ์ทางสังคมที่มีอิทธิพลต่อการพัฒนาธงมาแต่อดีต และจะยังคงมีผลต่อวิวัฒนาการของธงต่อไปในอนาคตด้วย

ประการแรก ประเด็นปัญหาสำคัญที่นักออกแบบธงประสบคือการออกแบบที่จะต้องนำไปผลิต ซึ่งมักผลิตเป็นจำนวนมากและมักใช้ผ้าเป็นวัตถุดิบและต้องนำไปใช้แขวนภายนอกอาคารเพื่อใช้เป็นสัญลักษณ์ของหน่วยงานหรือองค์การ ของส่วนบุคคลหรืออื่นๆ ในแง่นี้ จะเห็นว่าการออกแบบธงเสมือนการแตกสาขาออกมากจากการออกแบบตราสัญลักษณ์หรือ "โลโก" ซึ่งโลโกส่วนใหญ่เป็นเพียงตราที่อยู่นิ่งในหนังสือ จอ หรือป้ายโฆษณา ส่วนธงต้องนำไปแขวนประดับและโบกพริ้วไปมาที่มองจากระยะและทิศทางต่างๆ ที่หลากหลายกว่ามาก การใช้สีและรูปร่างที่ง่ายและเด่นชัดจึงเป็นหัวใจสำคัญในเชิงการใช้งานจริง

การออกแบบธงเป็นกระบวนการทางประวัติศาสตร์ด้วยเช่นกันเนื่องจากธงมักมีความหมายโยงไปถึงเรื่องราวหรือเหตุการณ์ในอดีต รูปแบบเดิม ความหมายและการใช้งานดั้งเดิม ความละเอียดอ่อนซับซ้อน กลุ่มประเภทของธงปัจจุบันอาจสืบเนื่องมาจากบรรพบุรุษร่วมเพียงไม่กี่สาย เช่นในกรณีของ "สีพันธมิตรอัฟริกัน" (Pan-African colors) "สีพันธมิตรอาหรับ" (Pan-Arab colors) "สีพันธมิตรสลาวิก" (Pan-Slavic colors)และ "ธงชาติที่ได้แรงบันดาลในจากธงชาติตุรกี" (national flags inspired by the flag of Turkey) เป็นต้น

ในบางวัฒนธรรมจะมีการกำหนดการออกแบบธงไว้ตายตัว โดยการอยู่ในกรอบของตราสัญลักษณ์ประจำตระกูล (heraldic) หรือเป็นไปตามกฎระเบียบที่มีวางไว้ตายตัว ในกรณีเฉพาะบางกรณี การออกแบบอาจกำหนดมาจากหลักการทางศาสนา ตัวอย่างเช่น ธงอิสลาม (Islamic flags) และในฐานะเป็นสาขาวิชาหนึ่ง ธัชวิทยาได้เริ่มส่งเสริมให้มีการกำหนดหลักการการออกแบบที่ได้จากงานวิจัยทางประวัติศาสตร์และการออกแบบธง ตัวอย่างสำคัญได้แก่ "หลักการออกแบบธงดีและธงเลวของเท็ด เคย์" (Ted Kaye's five Good Flag, Bad Flag principles) ซึ่งตีพิมพ์และได้รับการรับรองจากสมาคมธัชวิทยาภาคอเมริกาเหนือ (North American Vexillological Association) ดังนี้

1. ทำให้เรียบง่าย: ธงควรเรียบง่ายในระดับที่เด็กสามารถเขียนได้จากความจำ
2. ใช้สัญลักษณ์ที่ให้ความหมาย: ภาพลักษณ์ สี หรือลวดลายของธงควรสัมพันธ์กับความหมายของสัญลักษณ์
3. ใช้สีพื้นฐาน 2-3 สี: จำกัดจำนวนสีที่ใช้กับผืนธงไว้ที่ 3 สี และเป็นสีที่มีความเปรียบต่างชัดที่ได้มาจากชุดสีมาตรฐาน
4. ไม่ใช้ตัวอักษรหรือตรา: ไม่พึงใช้ตัวหนังสือเขียนไม่ว่าในภาษาใดและไม่พึงใส่ตราขององค์การใดๆ
5. มีความโดดเด่น หรือ มีความเกี่ยวพันสูง: หลีกเลี่ยงการซ้ำซ้อนหรือคล้ายคลึงกับธงอื่น แต่จงใช้ความคล้ายเพื่อแสดงความเกี่ยวข้องกันเท่านั้น