รศ.ดร.ธัญยธรณ์ ขันทปราบ เกิดเมื่อวันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2489 ที่เขตบางรัก กรุงเทพมหานคร เป็นบุตรของ ศ.(พิเศษ) ขจร กับนางชุลี สุขพานิช แต่เดิมมีชื่อว่านางสาวกนลา สุขพานิช ต่อมาจึงเปลี่ยนมาใช้นามสกุลสามีคือ "ขันทปราบ" และเปลี่ยนชื่อในเวลาต่อมาเป็น "ธัญยธรณ์"[1] เธอสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขารัฐศาสตร์การทูต จากคณะรัฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ระดับปริญญาโท สาขาเอเชียศึกษา จากมหาวิทยาลัยอเมริกัน[2]