อินเดีย, จีน, ไหหลำ, ไต้หวัน, ซุนดา, ออสเตรเลีย, โซโลมอน, อินโดจีน, ฟิลิปปินส์, แหลมมลายูและไทย ประเทศไทยมีอยู่ทั่วไปทุกภาค ปัจจุบันเป็นนกที่ค่อนข้างพบเห็นยากมาก เคยพบปนอยู่กับฝูงนกปากห่างที่วัดไผ่ล้อม จังหวัดปทุมธานี ตั้งแต่ ปี พ.ศ. 2545 ได้มีการพบเห็นฝูงนกกระทุงที่บินผ่านประเทศไทยและแวะพักหากินที่บ่อปลาของชาวบ้านใน หมู่ 7 ตำบลหน้าโคก อำเภอผักไห่ จังหวัดพระนครศรีอยุธยา และบริเวณใกล้เคียง ซึ่งมีบ่อปลาอยู่ ซึ่งสามารถพบเห็นได้ปีละ 2 ช่วง คือ ช่วงเดือนพฤษภาคม–มิถุนายน และช่วงเดือนตุลาคม–พฤศจิกายน และสามารถมองเห็นได้บนเสาไฟฟ้าแรงสูงจากถนนเสนทางสายป่าโมก–สุพรรณ ช่วงหน้าโคก

ในอดีตนกกระทุงสามารถพบได้มากมายในประเทศไทย ในพงศาวดารระบุไว้ว่า ในศึกลาดหญ้า อันเป็นส่วนหนึ่งของสงครามเก้าทัพในช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์ เมื่อพระยาสระบุรีได้รับคำสั่งให้เดินทางล่วงหน้าไปตีทัพหน้าของพม่า ที่ริมแม่น้ำน่าน ตำบลปากพิง ใต้เมืองพิษณุโลก เมื่อพระยาสระบุรีพักทัพที่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำน่าน ในเวลากลางคืนได้พบกับนกกระทุงฝูงใหญ่ จนเข้าใจผิดคิดว่าเป็นกองทัพพม่า จึงได้สั่งการให้ถอยทัพ[2]