นกจู๋เต้นเขาหินปูน เป็นนกเพียงชนิดเดียวในประเทศไทยที่มีความเฉพาะเจาะจงต่อถิ่นอาศัยแบบเขาหินปูน ประชากรของมันจึงลดลงจากการที่ถิ่นอาศัยถูกทำลาย เนื่องจากยังคงมีการสัมปทานระเบิดเขาหินปูนเพื่อผลิตปูนซีเมนต์ เป็นเหตุให้นกที่มีการกระจายพันธุ์แคบอย่าง นกจู๋เต้นเขาหินปูนชนิดย่อยสระบุรี (Rufous Limestone Babbler - Gypsophila crispifrons calcicola) นั้นถูกจัดเป็นชนิดที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ในบัญชีแดงของ IUCN (VU) ในเขตเขาหินปูนของประเทศไทยนอกจากนกจู๋เต้นเขาหินปูนสระบุรีแล้ว ยังมีสัตว์ขนาดเล็กอีกหลายชนิดโดยเฉพาะสัตว์เลื้อยคลานที่เป็นสัตว์ถิ่นเดียว คือ อาศัยอยู่เฉพาะตามเขาหินปูน และถูกคุกคามจากสัมปทานเขาหินปูนเช่นเดียวกัน[6]

ป่าเขาหินปูนที่พอจะเหลืออยู่ตามวัดต่าง ๆ ที่พอจะเป็นแหล่งอาศัยของนกจู๋เต้นและสัตว์อื่น ๆ ได้อาศัย แต่ด้วยค่านิยมในการปล่อยสัตว์เลี้ยงในบริเวณวัด สัตว์ปล่อยเหล่านี้เป็นภัยคุกคามที่ค่อนข้างร้ายแรงโดยเฉพาะแมวจรจัดต่อนกและสัตว์ป่าขนาดเล็ก ซึ่งในต่างประเทศที่มีการเก็บข้อมูลพบว่าสัตว์ท้องถิ่นถูกล่าจนเหลือจำนวนน้อยลงมากโดยแมวที่เลี้ยงแบบปล่อยนั่นเอง[6]