จากข้อมูลของสหภาพนานาชาติเพื่อการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN) นกปากกบปักษ์ใต้ถูกจัดสถานะใกล้ถูกคุกคาม (NT) ประชากรนกลดลงอย่างต่อเนื่อง[12][16] เนื่องจากภัยคุกคามต่อถิ่นที่อยู่ในภาคใต้ของประเทศไทย จำนวนนกที่อาศัยอยู่ในพื้นที่ลุ่มลดลงอย่างมากจากกิจกรรมของมนุษย์โดยเฉพาะการตัดไม้ทำลายป่าในที่ราบลุ่ม[12] ซึ่งทำลายถิ่นที่อยู่ของสัตว์หลายชนิด[17] แม้นกปากกบปักษ์ใต้กำลังเผชิญกับการสูญพันธุ์ในประเทศไทย แต่นกชนิดนี้แพร่กระจายโดยกว้างในหลายภูมิภาคของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงของการสูญพันธุ์ลงได้บ้าง[8]

นกปากกบปักษ์ใต้ เป็นสัตว์ป่าคุ้มครองในบัญชีแนบท้ายกฎกระทรวง กำหนดให้เป็นสัตว์ป่าบางชนิดเป็นสัตว์ป่าคุ้มครอง พ.ศ. 2546 ตามพระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ.ศ.2535 ลำดับที่ 598[18]