นกแก้วคาคาโปได้รับการจำแนกโดยนักปักษีวิทยาชาวอังกฤษ จอร์จ โรเบิร์ต เกรย์ ใน ค.ศ. 1845 ชื่อสกุลมาจากภาษากรีกโบราณ strigos จาก strix ที่แปลว่า "นกฮูก" และ ops ที่แปลว่า "หน้า" ขณะที่ชื่อสปีชีส์มาจาก habros ที่แปลว่า "นุ่ม" และ ptilon ที่แปลว่า "ขนนก"[4] ด้วยการที่มันมีลักษณะจำนวนมากที่ผิดแผกออกไปทำให้มันถูกวางไว้ในเผ่า Strigopini ของตนเองตั้งแต่ในการจำแนกครั้งแรก จากการศึกษาสายวิวัฒนาการล่าสุดยืนยันว่านกแก้วสกุลนี้และนกแก้วคาคาและนกแก้วคีซึ่งเป็นญาติใกล้ชิดมีความสัมพันธ์กับนกแก้วนิวซีแลนด์สกุล Nestor.[5][6][7] มันได้รับการพิจารณาแบ่งแยกออกมาเป็นวงศ์นกแก้ว Strigopidae[8] จากเดิมอยู่ในวงศ์ Nestoridae ในวงศ์ใหญ่ Strigopidae นกแก้วคาคาโปถูกวางไว้ในเผ่าของตนเอง ก่อนหน้านี้นักปักษีวิทยาคิดว่านกแก้วคาคาโปอาจเป็นญาติใกล้ชิดกับนกแก้วนกแก้วกลางคืนและนกแก้วดินของประเทศออสเตรเลียเพราะมีสีสันคล้ายคลึงกันแต่ความคิดนี้ขัดแย้งกับการศึกษาล่าสุด[9][10] สีพรางตัวน่าจะเกิดจากการปรับตัวในการหากินบนพื้นดินซึ่งเป็นการวิวัฒนาการแบบวิวัฒนาการเบนเข้า